Тогда заходил отец Никон и в скит, где на пасеке жили еще два оптинских монаха, а с ними и тайный монах Михаил Таубе. После закрытия Оптиной его уволили с работы, но он не поехал домой в Петроград, остался здесь. Отец Никон и отец Агапит (Таубе) не предполагали, конечно, что в недалеком будущем окажутся спутниками по одному этапу — на Север… Отец Никон дважды ездил в Москву, во второй раз — в 1926 году хоронить свою мать, с которой успел попрощаться, — она была глубоко верующей615.

В 1925 году отец Никон с иеродиаконом Кириллом по приглашению игумении Софии (Гринёвой) ездили в Киев, где постригли в мантию несколько насельниц Покровского монастыря.

В это время особенно усилились гонения на Церковь. Происходили аресты среди священнослужителей в Козельске и в селениях вокруг него. Калужский преосвященный Феофан вызвал в Калугу всех иеродиаконов и многих простых монахов, и все были рукоположены в священный сан, а потом назначены в епархии на приходы. Поэтому в храмах Козельска сразу убавилось число монашествующих.

25 марта 1925 года скончался Патриарх Тихон. Время было тревожное. Почти половина архиереев находилась в тюрьмах, лагерях или в ссылке. Многим тогда казалось, что гибнет Церковь окончательно, но она жила — молитвами своих мучеников и исповедников. А летом 1927 года возникла угроза церковного раскола: разгорелись споры по поводу так называемой Декларации местоблюстителя Патриаршего престола митрополита Нижегородского и Арзамасского Сергия (проект ее был разослан митрополитом по епархиям еще в 1926 году). Владыка был собственно заместителем местоблюстителя Патриаршего престола митрополита Петра (Полянского), арестованного в это время (и расстрелянного в январе 1937 года). Митрополит Сергий издал в конце 1927 года указ (№ 549) об обязательном поминовении за богослужением советской власти и об отмене поминовения епархиальных архиереев, находящихся в ссылке, с чем не согласились многие епископы. С этого времени епископы и священнослужители разделились на поминающих и на непоминающих советскую власть.

Оптинцы проявили церковное послушание и остались на стороне поминающих. Здесь нужно отметить, что митрополит Сергий добивался легализации Русской Православной Церкви, которая в это время по сути была вне закона и тем самым без юридической защиты. Добиться легализации в период гонений было, как казалось, невозможно. Митрополит Сергий пошел лишь на те уступки властям, которые не противоречили установкам Патриарха Тихона. К легализации Церкви стремился и находившийся в ссылке местоблюститель Патриаршего престола митрополит Крутицкий и Коломенский Пётр, который, узнав о регистрации Синода Народным комиссариатом внутренних дел 20 мая 1927 года, счел это победой и твердо встал на сторону митрополита Сергия.