Отец Аифал отбывал незаконно присужденный ему властями срок пятилетнего заключения в Соликамске. Освободившись, он написал отцу Исаакию в Козельск, прося благословить его возвращение. Получив ответ, он поехал, но уже вблизи Калуги уголовники вытолкнули его на ходу из вагона, и он разбился насмерть.
4 июня 1927 года в Козельске были арестованы отцы Никон и Кирилл. В этот же день взято было властями несколько работников Оптинского музея, среди них уже уволенный с должности отец Агапит (Таубе). Всех их увезли в Калужскую тюрьму. Отец Никон помещен был в общую камеру, а вскоре его и отца Кирилла назначили на работу в канцелярии при тюрьме. Уже на другой день после ареста духовные чада отца Никона привезли ему из Козельска все необходимое. Ему удалось установить с ними постоянную связь, — он мог передавать им письма и краткие записки. Однажды он тайно передал 5-й том сочинений святителя Игнатия (Брянчанинова), исписанный по полям его, отца Никона, комментариями и замечаниями по поводу прочитанного. В книгу вложен был пакет с записками к духовным чадам (этот том сохранился).
В каждой записке было несколько изречений, соответствующих духовному устроению того духовного чада, которому она была адресована. А на полях тома сочинений святителя Игнатия среди других записей есть такая: «Возблагодарим Господа Бога за все милости Его, на нас, грешных, явленные. Возблагодарим за то, что мы чада Православной Церкви; возблагодарим, что нам дано, если не жизнию нашею, то умом и чувством сердца узнать до некоторой степени святую иноческую жизнь; возблагодарим, что нам дано, хотя до некоторой степени, понять тщету и суету мирской жизни; возблагодарим за те крохи чудной трапезы, которые мы получили. Наследства отцов и предков мы недостойны по своей греховности, но нам оказана великая милость: даны нам крохи той святой жизни, которою питались отцы; качество крох свидетельствует о качестве того, от чего они остались. О существовании и достоинстве недомыслимом крох этих, как и самой жизни, не знают люди мира сего и те, кого условия жизни (по неведомым судьбам Божиим) не допустили узнать их. <…> Смиримся, и убоимся страхом спасительным. Смиримся, и не дозволим себе ни малейших помыслов тщеславия и гордости, не дозволим себе осудить тех, кто не понимает нас… <…> Смиримся сугубо от сознания, что мы лично ничем не заслужили полученных милостей Божиих. <…> Чтобы хранить и сохранить полученное, необходимо дорожить им и благоговеть пред ним, иначе можно утратить его»618.
Отец Никон, не зная за собой никаких противозаконных дел, надеялся, что его (как и отца Кирилла и других) отпустят, как уже бывало. Он написал отцу Геронтию, поселившемуся в его квартире, чтобы он сделал некоторый запас на зиму — дров и продуктов. Но вот уже настала и зима, а их не отпускали. Духовные чада отца Никона надеялись на его освобождение, но в начале января 1928 года они получили от него следующее письмо. «Мир вам и Божие благословение, — писал он. — По воле Божией придется нам расстаться. Этап приблизительно через месяц… Если Господь судит мне покинуть дорогие моему сердцу места и близких мне людей — да будет Его святая воля!»619. Отец Никон в этом письме просил принести ему некоторые необходимые вещи. А в конце письма испрашивал благословения и молитв о себе у владыки Михея, архимандрита Исаакия и всех отцов и братий оптинских. Отец Никон был осужден на три года концлагеря и причислен к этапу, который готовился к отправлению на Соловки. Отец Агапит оказался спутником отца Никона, а отец Кирилл, болевший туберкулезом легких, выслан был на три года в Кзыл-Орду. С ним поехала сестра Анастасия, так как он не мог обходиться без помощи. По болезни ему был сокращен срок высылки, и он вернулся в Россию осенью того же года.