Новый собор начал функционировать при более неблагоприятных обстоятельствах, чем предыдущие. Евгений все же утвердил председателя. Но одновременно с этим он говорил о великих изменениях, которые должны последовать в отношении собора. Вероятно, при этом он имел в виду договор, который еще его предшественник заключил с греками и согласно которому в одном из приморских городов Нижней Италии должен был состоять унионный собор. Но в Базель к назначенному времени явился всего единственный прелат, аббат Везелейского монастыря в Бургундии. Положение в городе и окрестностях было представлено папе в самом неблагоприятном свете прибывшим в Рим каноником Бопером Безансоном. Эти обстоятельства послужили папе поводом еще до истечения 1431 г. (18 декабря) распустить собор и в связи с делом греков назначить новый собор на лето 1433 г. в Болоньи. За четыре дня перед возвращением из крестового похода против гуситов кардинала Цезарини состоялось первое официальное заседание собора. Собор не желал оставлять неразобранные дела. Декрет о роспуске вызвал страшное подозрение, будто в Риме вообще не желают собора, который настаивал на необходимости проведения церковных реформ. Даже кардинал Цезарини сильным словом был убежден в необходимости отмены этого распоряжения. Собор в самом деле со всей решительностью уперся в своем положении. Чтобы предохранить себя от могущего быть нападения, он возобновил, между прочим, констанцкие декреты касательно превосходства собора над папой, причем это усиленно было поддержано князьями, главным образом Сигизмундом, особенно стремившимся в то время приобрести императорскую корону. Евгений уступил по всей линии. Так как ему не удалось провести Болонью, то он согласился на собор во всяком другом германском городе, в конце концов даже в Базеле, в чем он долгое время отказывал. И если он в интересах защиты своего верховенства для утверждения постановлений собора в начале употреблял слова «он желает и предписывает» (Volumus et mandamus) и «он желает и согласен» (volumus et contentamus), то в конце 1433 г., когда положение его в Риме пошатнулось, он принял формулу: «он решает и объявляет» (decernimus et declaramus), и наконец, согласился даже на безусловное признание собора. Конфликт этим закончился, и базельцы издали в ближайшее время целый ряд полезных реформе декретов. Впрочем, только немногие из них вступили в силу. Мир между папой и собором продолжался недолго. Причиной этого были некоторые соборные постановления, казавшиеся ему опасными. Особое неудовольствие Евгения возбудила отмена аннатов. Так как между самыми базельцами произошел разлад, потому что большинство желало продолжения собора видеть в Авиньоне, а меньшинство высказалось за какой-либо итальянский город, то положение папы в сравнении с предыдущим временем улучшилось. Евгений в 1437 г. (29 мая) утвердил постановление меньшинства, а когда собор привлек его за это к суду, то он его распустил (18 сентября). Цезарини убеждал как раньше папу, так ныне базельцев к уступчивости. Когда же его старания оказались тщетными, то он со своими единомышленниками, в том числе и с Николаем Кузанским, покинул собор, чтобы явиться на новый унионный собор в Италии. С его отъездом оппозиционная партия нисколько не изменила своего образа мыслей. Собор продолжался. Ближе всего он занялся процессом против Евгения.