В 1743-м, по требованию цензуры, изъят изданный Академией наук астрономический календарь, в котором духовная цензура нашла сведения о планетах, «к соблазну народному склонные».
РПЦ выступала с критикой гелиоцентрической системы мира вплоть до начала XX века (!). До 1815 года, с одобрения цензуры, издавалось школьное пособие «Разрушение коперниковской системы», в котором автор называл гелиоцентрическую систему «ложной системой философической» и «возмутительным мнением».
Последним произведением, в котором критиковалась гелиоцентрическая система, стала вышедшая в 1914-м книга священника Иова Немцева «Круг земли неподвижен, а Солнце ходит».
Русский церковный «Индекс запрещенных книг» был бесконечен и включал труды Бэкона, Спинозы, Гоббса, Вольтера, Гельвеция, Руссо, Гольбаха, Дарвина, Геккеля, Поупа, Аничкова, Новикова, Герцена, Ушинского, Худякова, Загоскина, Сеченова и многих, многих других. Сочинение Тредьяковского «Феоптия» было запрещено на том основании, что там было сказано, «будто Земля вертится, а Солнце стоит, и будто Луна ходит вслед за Землею». В 1866 г. (!) «за изложение самых крайних материалистических взглядов» был наложен арест на книгу И. М. Сеченова «Рефлексы головного мозга», а ее автору запретили читать публичные лекции. Из-за гонений духовенства был вынужден покинуть Россию выдающийся биолог, лауреат Нобелевской премии И. И. Мечников.
Особая ненависть высшей церковной черни обрушилась на отечественную и иностранную литературу. Запрещалось всё и вся — Н. И. Новиков и А. Н. Радищев были признаны «бунтовщиками хуже Пугачева», попали под запрет РПЦ русские народные сказки, собранные А. Н. Афанасьевым, а великий русский писатель мирового ранга Л. Н. Толстой был отлучен от церкви. Иоанн Кронштадтский называл Толстого предтечею антихриста и даже самим антихристом, а его борьбу с церковью — делом дьявольским. В 1830-х годах по требованию Святейшего Синода было сожжено 5000 экземпляров Пятикнижия Моисея, переведенного на русский язык и изданного Библейским обществом. В 1840-х годах в список запрещенных по религиозным мотивам внесены сочинения Г. Р. Державина, А. Д. Кантемира, А. С. Пушкина, В. Г. Белинского, М. Шенье, В. Гюго, О. Бальзака и многих других. В 1853 году при издании полного собрания сочинений Н. В. Гоголя по требованию духовных властей из его произведений исключили многие места, которые были найдены оскорбительными для церкви.
Митрополит Филарет одобрил действия ректора Троицкой духовной семинарии Саввы, который, узнав, что у семинаристов есть печатные и рукописные сочинения Гоголя, Лермонтова, Пушкина, Белинского и других, ночью сделал обыск и все отобранные книги распорядился предать «торжественному сожжению» во дворе академии в присутствии преподавателей и учащихся. Впоследствии Савва стал помощником митрополита. В 60-х годах XIX века было запрещено издание романа Жюля Верна «Путешествие к центру Земли», в котором духовные цензоры нашли антирелигиозные идеи, а также опасность уничтожения доверия к Священному Писанию и духовенству. В 1889 году при издании собрания сочинений Н. С. Лескова духовная цензура «растерзала» шестой том, в котором были собраны произведения из жизни духовенства. Весь тираж книги уничтожили. Н. С. Лесков назвал эту расправу «подлым самочинством и самовластием со стороны всякого прохвоста». Последователями православной инквизиции за тысячу лет были уничтожены почти все памятники старины, связанные с народными верованиями на территории России. Такая политика сравнима с уничтожением талибами Бамианских статуй Будды в Афганистане, внесенных в Список всемирного наследия ЮНЕСКО.