Во времена Елизаветы М. В. Ломоносов написал сатирический «Гимн бороде», в котором иронически отозвался о таком богословском аргументе, как сожжение в срубе.
Большое распространение в России получили изуверские методы распознавания ведьм и чародеев огнем, ледяной водой и протыканием родинок и бородавок. Согласно православным представлениям, женщины легче всего входили в сношения с дьяволом, поэтому русских колдуний обвиняли в том, что они портят погоду, посевы, вызывают неурожай и голод, насылают болезни и мор. В «Повести о волхвовании», появившейся под влиянием церковной агитации против ведьм и чародеев, их предлагалось «огнем жечи». Обвинения в колдовстве, чародействе и сношениях с нечистой силой, как правило, начинались по инициативе духовных властей и разбирались предварительно в церковном суде.
Спровоцированные РПЦ народные расправы с чародеями и колдунами происходили в России вплоть до конца XIX в. Так, в декабре 1879 г. в деревне Врачево Новгородской губернии за «колдовство» сожгли крестьянку Аграфену Игнатьевну, а летом 1885 г. в деревне Пересадовке Херсонской губернии такую же расправу учинили с тремя крестьянками, обвиненными в наступлении засухи.
Борьба с язычеством продолжалась в России, по крайней мере, до конца XVIII века. В 1793 году по настоянию церкви было предано огню 18 656 (!) бесценных книг и древних рукописей, в том числе берестяных грамот и деревянных дощечек с самыми древними письменами…
Почти все явления, связанные с европейской конкистой, нашли свое отражение и повторение при расширении Российской империи: жестокое и кровавое миссионерство, насильственная христианизация покоренных народов, уничтожение национальных культур и культовых предметов малых народов, военные «усмирения»… Наиболее мрачную память о себе оставила Новокрещенская контора, активная конкистадорская деятельность которой стала причиной многочисленных народных волнений. Под видом сохранения «чистоты» православия повсеместно насаждалась религиозная нетерпимость, а переход из православия в другие религии жестоко и беспощадно карался.
Православная инквизиция в России стала главным очагом невежества и мракобесия. РПЦ препятствовала распространению грамотности и развитию науки, часто была инициатором травли наиболее талантливых ученых и учителей. Вековечное отставание России от Запада во многом обязано дремучести малограмотного и бескультурного духовенства, невосприимчивого к новациям, культуре и литературе. Данте и Шекспир не случайно пришли на русскую землю лишь к концу XIX века — даже знаменитая византийская библиотека, попавшая в Москву после женитьбы Ивана III на греческой царевне Зое-Софье Палеолог (1472), оказалась невостребованной. До конца XVII в. в Москве не было никаких общественных школ и академий. Когда братья Лихуды основали в Москве Славяно-греко-латинскую академию, то вскоре были отстранены от должностей за преподавание физики и философии. Под запретом чуть ли не вплоть до начала XX в. находились игра в шахматы и спортивные игры. Преподобный Варсонофий Оптинский говорил о появившемся в России футболе: «Не играйте в эту игру и не ходите смотреть на нее, потому что эта игра введена диаволом и последствия ее будут очень плохие».