И Реформация, и Контрреформация опирались на Библию, считая ее непогрешимым авторитетом. Однако общим основанием для споров становилась история церкви, спорили, действительно ли за всю свою историю церковь оставалась непогрешимой. Или действия протестантов или определения собора в Триенте могли встретить поддержку в истории христианства.

Каждая сторона обращалась к истории ради поддержки своей интерпретации, и при этом обнаруживались поразительные сближения. Между 1559 и 1574 годами лютеранин Иллирийский Флациус вместе с сотрудниками опубликовали магдебургские «Центурии», первый серьезный и научный обзор истории церкви, тщательно прослеживающий медленное изменение церкви от времен Нового Завета к Средним векам.

Действия Флациуса не могли пройти незамеченными, ему следовало ответить, причем сделали это лучшие ученые. В 1568 году основатель оратория Филипп Нери поручил это сделать своему ораторианцу Чезаре Баронию, и тот публиковал свои «Анналы» в двенадцати томах ин-фолио с 1588 по 1607 год, до своей смерти.

«Анналы» оказались такими же предвзятыми, как и «Столетия», такими же неточными, хотя и по-своему. И все же они стали обязательными для поздних ученых, потому что Баронио, в отличие от Флациуса, использовал архивы и рукописи библиотеки Ватикана, где работал библиотекарем с 1597 года.

Предполагалось, что на основании документов, еще не признанных фальшивыми, «Анналы» покажут, что обычаи и обрядовая практика, о которых пишет Флациус, ошибочны и противоречат истине, выявленной с ранних времен христианской церкви. Он удовлетворял и заверял общественность, озабоченную тем, что современный исторический критицизм заставил сомневаться в свидетельствах древних мифов и сохранил общественное представление об Античности в романтической дымке.

Однако изучение истории, носившее частный характер, должно было рано или поздно расширить рамки в поимках истинности и беспристрастности. Уже в начале первой половины XVII века французские католические ученые начинали заниматься теми научными изысканиями, которые в конце века сделали французских бенедиктинцев святого Мора первыми, кто удостоился современного звания критических историков.

В 1606 году бельгийский иезуит Герберт Росвейде получил освобождение от преподавания и смог полностью посвятить себя науке. В поддержку религиозных идей Контрреформации Герберт Росвейде запланировал огромное собрание житий святых, тексты которых следовало отредактировать и опубликовать в соответствии с критическими стандартами современной исторической науки.