В землях Южной Германии все еще доминировали старые заблуждения, на севере же страны власть Реформации означала дальнейшее ослабление церковной дисциплины. Реформа коррумпированных и секуляризированных каноников и монастырей давно назрела, и теперь слово «реформа» ассоциировалось с ересью и народными волнениями.

В данных обстоятельствах консервативное сопротивление протестантизму слилось с сопротивлением любым, даже полезным, реформам или переменам. «Мне известна одна кафедральная церковь, — писал Иоганн Экк кардиналу Контарини в 1540 году, — где только трое из пятидесяти четырех каноников являются священниками». Экк также обнаружил собор, где ни епископ, ни декан не были посвящены в духовный сан.

Когда духовенству разрешили жениться, неженатые священники, давно привыкшие содержать любовниц, связали себя узами брака, легализовав своих женщин как жен, превратив детей в законных и уважаемых наследников.

Несколько известных немецких епископов в 1561 году доказывали, что единственным решением немецкой проблемы оставалось разрешение священникам жениться — на определенных условиях. Герцог Альбрехт V Баварский информировал собор Триента, что он едва ли способен удержать Баварию в качестве союзника Святого Престола, если не разрешат причастие вином и церковные браки.

В апреле 1564 года папа Пий IV направил послание многим немецким католическим епископам, санкционировав право на двойное причастие мирянам, которые хотели его получить. При данных условиях протестанты продолжали двигаться вперед.

Между 1565 и 1585 годами наблюдаются изменения в морали. Протестанты стали менее уверенными в себе, католики, напротив, обрели уверенность. Крушение протестантских надежд отчасти обусловлено новой и жесткой католической политикой, проводимой такими правителями, как Альбрехт Баварский.

Однако, скорее всего, пессимизм протестантов вытекал из признания, что Реформация, в истинности и необходимости которой не сомневались, не преуспела после первой вспышки энтузиазма, как этого ожидали. «Мы вообразили, что для нас наступил золотой век», — заявлял кальвинистский пастор Скалтет, когда посетил Виттенберг в 1591 году. «Враг, — вторил ему пастор Бокен из Хайдельберга в 1576 году, — наконец организовался, собрал новую армию и укрепился в своей твердыне».

Отчасти разочарование объяснялось разделением внутри протестантизма. Самыми богатыми государствами протестантской Германии считались лютеранские, и все же в эти годы реформаторская политика и наука, которых некоторые лютеране боялись не меньше Рима, в Германии уже дали трещину. Университет в Виттенберге угасал, в то время как иезуитский университет в Ингольштадте набирал силу.