Епископа Олафсона из Линчепинга сместили за то, что тот назвал папу «Антихристом». Катехизис Лютера был запрещен, вместо него использовали тот, который составил Канисий, иезуиты были разрешены. Однако король продолжал настаивать на сохранении чаши для мирян, использовании шведского языка во время литургии, поощрял женитьбы духовенства и принимал законодательные перемены Реформации.

Папа отказался пойти на дальнейшие уступки. Католичка королева Катарина умерла в 1583 году, иезуитов изгнали. Сам Иоанн III принял консервативную традицию шведской Реформации.

После его смерти корона в 1592 году перешла к сыну Иоанна III Сигизмунду III Вазе, польскому королю, католику. Брат Иоанна III Карл, ставший Карлом IX, в 1599 году лишил Сигизмунда III власти (после чего Сигизмунд III сосредоточился на организации Смуты на Руси, а затем и интервенции, захвате Смоленска и Москвы, затем борьбе с ополчениями Ляпунова, Минина и Пожарского. — Ред.), синод в Уппсале формально принял Аугсбургское исповедание как стандарт веры, запретив использовать «Красную Книгу». Вернули катехизис Лютера (в упрощенной версии 1571 года) и сделали его основой культа. Таким образом было покончено со всякой надеждой на продвижение представлений, сходных с теми, что выдвигал Кассандр.

Препятствия внутри христианского мира преодолевались, хотя это и происходило нечасто, обычно с помощью книг, хотя иногда они не признавались. Изданные Меланхтоном Commonplaces («Общие места») напечатали в Венеции, их чтение в Риме сопровождалось аплодисментами, пока францисканцы не вычислили автора, и тогда издание сожгли.

«Часослов» напечатали в Париже вместе с несколькими добавленными молитвами, якобы составленными Кальвином. Комментарии Буцера к Псалтири были популярны среди католиков, пока их автор не стал известен. «Итак, — насмехался Скалигер, сообщая о подобных причудах, — для нас важнее не то, что сказано, а то, кто это сказал».

Протестантские богословы XVII века многое взяли от испанских иезуитов, хотя и отвергали их точку зрения. Хукер учился у святого Фомы Аквинского. Преподаватели и студенты в Оксфорде и Кембридже между 1600 и 1640 годами читали Беллармини и ученых Контрреформации. Пуританин Джон Престон привык читать Summa Фомы Аквинского в кресле цирюльника. Когда волосы падали на страницу, он сдувал их и продолжал читать.

Своими трудами историки пересекали границы, использовались огромные массивы документов без отсылок к источникам. Автор рукописи, хранящейся в библиотеке колледжа Святого Иоанна в Кембридже, рекомендовал студенту, изучающему историю, обратиться к трудам кардинала Беллармини как особому источнику, правда, предостерегал: «Однако с осторожностью доверяйте ему». Исаак Валтон рассказывает историю, украшенную подробными и апокрифическими деталями, что папа Климент VIII с восхищением и нескрываемым почтением читал первую книгу Хукера.