Высочайший указ о назначении коллежского асессора А. Н. Муравьёва был обнародован 22 апреля 1833 г. Много лет спустя, вспоминая своё назначение, Муравьёв утверждал, что место в обер-прокуратуре Св. Синода от имени императора (которому ранее была представлена его книга, очевидно, «Путешествие ко Святым местам в 1830 году») ему предложил князь А. Н. Голицын. Муравьёв, якобы, испугался, но затем, повинуясь монаршей воле, дал согласие. В письме, адресованном Голицыну, он просил князя не гневаться, если не оправдает надежд, и оставить числящимся, как и ранее, в Министерстве иностранных дел. По словам Муравьёва, митрополиты Серафим (Глаголевский) и Филарет (Дроздов) были рады его назначению[582]. В правдивости последнего утверждения у нас нет никаких сомнений.

Учитывая, что А. Н. Муравьёв – человек глубокой личной веры – находился в близких отношениях со многими иерархами своего времени, особенно был близок к Московскому святителю, «не без участия которого и назначен за обер-прокурорский стол»[583], а также то, что С. Д. Нечаев, наоборот, в близких отношениях к иерархии замечен не был, нетрудно было понять, как он отнёсся к появлению в обер-прокуратуре нового помощника. Нетрудно понять, что и письмо митрополита Филарета к Нечаеву было вызвано не столько желанием отметить положительные черты Муравьёва как добросовестного деятеля, никак не искавшего случившегося назначения, сколько показать: к нему следует относиться с доверием, поскольку так к нему относятся иерархи.

С. Д. Нечаеву, безусловно, было неприятно назначение А. Н. Муравьёва, человека, имевшего сильные связи в церковных и светских кругах. Закономерным итогом были лишённые приязни отношения между ними. Своим заместителем видеть Муравьёва обер-прокурор не хотел. Показательно в этой связи, что на время служебных поездок он никогда не оставлял Муравьева исправляющим дела обер-прокурора. К примеру, с июля по декабрь 1834 г. обер-прокурорские обязанности исполнял князь П. С. Мещерский, отсутствие амбиций у которого было хорошо известно Нечаеву.

Служебные поездки были не слишком частыми, но всегда преследовали вполне конкретные цели – обозрения епархий и изучения имевшихся в них проблем. Важное значение придавал С. Д. Нечаев и положительному решению «униатского вопроса». Именно с этой целью он летом-осенью 1834 г. лично посетил униатские епархии, существовавшие в пределах Российской империи. В следующем году обер-прокурор добился принятия указа (от 19 декабря 1835 г.) о переводе в ведение Комиссии духовных училищ греко-униатских духовных учебных заведений: по «делам греко-униатским» в Комиссию назначили тогда униатского митрополита Иосифа (Булгака) и епископа Иосифа (Семашко), в дальнейшем сыгравшего ключевую роль в деле воссоединения Униатской церкви с Православной Церковью. В том же 1835 г. состоялся переезд Св. Синода из здания Двенадцати коллегий в новое здание на Сенатской площади столицы. Именно С. Д. Нечаеву довелось принять в этом самое деятельное участие, подготовив посещение 4 июня 1835 г. Николаем I и цесаревичем Александром Николаевичем нового здания и присутствия в зале заседания Св. Синода.