План по его смещению был разработан А. Н. Муравьёвым, надеявшимся со временем занять его место. В своих воспоминаниях он излагал историю назначения графа Протасова следующим образом. После того, как благоволивший к нему граф был назначен временно состоять в должности обер-прокурора, он, А. Н. Муравьёв, стремился «изгладить у духовных неприятное впечатление его военного мундира». Вскоре и сам Протасов приобрёл расположение «духовных», сумев доказать ревность к православию. Образ его мыслей, поступки мемуарист назвал весьма церковными («хотя и с некоторыми оттенками западными»), противопоставив С. Д. Нечаеву, подозреваемому в протестантизме. В то время митрополит Филарет (Дроздов) отсутствовал в С.-Петербурге и дело убеждения первоприсутствующего члена Св. Синода митрополита Серафима (Глаголевского) в необходимости активных действий по смещению обер-прокурора взял на себя архиепископ Казанский Филарет (Амфитеатров). Через шефа жандармов графа А. Х. Бенкендорфа, к которому должен был обратиться митрополит Серафим, надеялись воздействовать на императора. Однако архиепископ потерпел неудачу, и тогда А. Н. Муравьёв принял на себя задачу убедить митрополита Серафима подписать письмо с прошением к императору назначить графа Н. А. Протасова обер-прокурором. Сам граф был в курсе затеваемой интриги: в его коляске А. Н. Муравьёв отвёз из Св. Синода составленное заранее письмо к своему родственнику А. Н. Мордвинову, служившему при графе А. Х. Бенкендорфе. «Государь был доволен, что выбор его, хотя и странный, одобрен архиереями, и он мысленно уже назначил Протасова обер-прокурором»[586].

Впрочем, А. Н. Муравьёв, будучи в данном деле человеком пристрастным, пытался представить дело таким образом, чтобы доказать свою личную незаинтересованность и бескорыстность. Однако всё обстояло несколько иначе. Большой знаток церковной жизни XIX в. Н. С. Лесков неслучайно назвал то время периодом борьбы за преобладание, и не без сарказма описал затеянную А. Н. Муравьёвым интригу с назначением графа Протасова. Замечая, что в светских домах, где хотя бы немного интересовались «загнанным Синодом» и кое-что понимали в С. Д. Нечаеве, прямо говорили: если тот будет смещён, то «Андрей Николаевич – готовый обер-прокурор». По словам Лескова, «готовым» его называли потому, что при повальном невежестве в делах церковного управления А. Н. Муравьёв казался его знатоком. К тому же и сам «знаток» слышал от некоторых святителей такие же комплименты; ему говорили: «Кому же и быть [обер-прокурором], как не вам? Сам государь вас наметил». Муравьёв «верил, что на нём положена наметка и во всю остальную свою жизнь оставался в убеждении, что обер-прокурорское место “принадлежало ему по преимуществу и по праву”»[587].