Не выказывая «благоговейного раболепства» перед иерархами, будучи человеком независимым в суждениях и являясь сторонником поднятия общего образовательного уровня православного духовенства, приближения его к «светским стандартам» (желая даже одеть воспитанников духовных училищ «в пучки и полукафтанья»), Нечаев часто воспринимался епископатом как человек, далёкий от настоящей религии, как «внешний» наблюдатель и деятель в духовном ведомстве. В этом смысле он может быть назван подлинным предшественником графа Н. А. Протасова, сумевшим не только укрепить собственно обер-прокурорскую власть в Св. Синоде, но и психологически подготовить иерархию к вынужденному принятию идеи примата «светского начала» в церковных делах.

То, что этот примат есть неизбежность, иерархи поняли не сразу. В середине 1830-х гг. они полагали, что, сместив Нечаева, они смогут вновь вернуть Св. Синоду ранее имевшиеся у него властные полномочия. Сменой лица они надеялись достичь изменения политического курса, проводимого нелюбимым ими обер-прокурором. В 1836 г., казалось, всё складывалось таким образом, что их надежда могла осуществиться. Как часто бывает в жизни, ситуация изменилась благодаря случаю: у Нечаева тяжело заболела жена и он вынужден был просить у государя многомесячный отпуск для поездки в Крым. Но, не доверяя ближайшим своим чиновникам и не имея возможности поручить временное исправление дел проверенному и давно знакомому князю Мещерскому, Нечаев решил оставить вместо себя молодого гвардейского полковника, товарища министра народного просвещения графа Н. А. Протасова. В обязанности временно исправляющего дела обер-прокурора Св. Синода граф вступил 24 февраля 1836 г.

Причины сделанного обер-прокурором выбора А. Н. Муравьёв много лет спустя объяснял достаточно просто: «Тайная мысль Нечаева была та, что граф, как военный, никогда не заступит место обер-прокурора в Синоде, чего опасался от гражданских своих наместников, а между тем, как товарищ [министра] Народного просвещения, Протасов мог приблизить его к сему министерству, ибо весьма желал Нечаев, чем оно бы опять соединилось в лице его с министерством Духовных дел». Нечаев, – утверждал Муравьёв, – напомнил императору, что первым обер-прокурором был военный – капитан гвардии, «и это понравилось при Дворе, хотя духовенство было поражено назначением военного в Синод и многие из мирян этим соблазнялись»[584].

Соглашаясь с тем, что Нечаев мог желать объединения под своим началом министерства народного просвещения и обер-прокуратуры, т. е. воссоздания «Объединённого министерства», существовавшего при князе А. Н. Голицыне, следует отметить некоторое лукавство мемуариста в том месте, где он говорит, что духовенство было поражено назначением графа Протасова. Если и было оно поражено, то недолго. Само духовенство (в лице членов Св. Синода) в то время искренне желало замены Нечаева тем лицом, которое могло бы действовать в полном согласии с мнениями и представлениями иерархии. Достаточно быстро граф Н. А. Протасов сумел доказать синодалам, что он есть именно такое лицо, расположив к себе иерархов «своей ревностью к Церкви, изданием соборных правил и другими действиями в пользу православия»[585]. Кандидат в обер-прокуроры за короткое время прошёл проверку и стал восприниматься как наилучшая замена нелюбимому иерархами и неугодного им С. Д. Нечаева.