25 июня 1836 г. граф Н. А. Протасов стал обер-прокурором Св. Синода, будучи уволен от должности товарища министра народного просвещения. Обер-прокурором он оставался в течение 19 лет, вплоть до смерти. Ранее, 21 июня 1836 г., граф был назначен также и членом Комиссии духовных училищ.

Н. А. Протасов обладал всем, что требовалось для того, чтобы укрепиться во власти: огромными связями при Дворе (с 1820 г. он был женат на дочери Московского военного генерал-губернатора князя Д. В. Голицына – княжне Наталии Дмитриевне (1803–1880), чья мать являлась статс-дамой Двора ЕИВ), ловкостью, умом и настойчивостью. «Если верить одному анекдоту, – отмечал Н. С. Лесков, – то Протасов был даже начитан в отеческих творениях, а притом обладал проницательностью и юмором»[720].

Влияние Н. А. Протасова на церковные дела было бóльшим, чем у его предшественника: в годы управления графом ведомством православного исповедания, император принимал доклады только через обер-прокурора, точно также передавая через него свои распоряжения по Св. Синоду. При графе Н. А. Протасове за обер-прокуратурой прочно установилось право личного доклада императору, общее для всех министров и главноначальствующих.

В 1839 г. он провёл кардинальную перестройку всего духовного ведомства: была упразднена Комиссия духовных училищ, утверждено положение о Духовно-учебном управлении при Св. Синоде и положение об организации Хозяйственного управления при Св. Синоде, обнародован высочайший указ Правительствующему Сенату о соединении отделений Духовных дел православного и греко-униатского исповеданий с канцелярией обер-прокурора[721]. Таким образом, пользуясь неизменным расположением Николая I, Н. А. Протасов сумел окончательно завершить процесс подчинения синодального управления влиянию обер-прокурорской власти, до конца жизни удерживая за собой приобретённое в конце 1830-х гг. значение.

В «протасовские времена» ведомство православного исповедания превратилось в большое и сложное «министерство», а Св. Синод навсегда устранили от управления хозяйством собственного ведомства: оно было поставлено под непосредственный контроль обер-прокурора в лице директора Хозяйственного управления. Даже канцелярия Св. Синод была подчинена обер-прокурору – в лице ее управляющего. Точно также после создания Духовно-учебного управления Св. Синоду оставили лишь право утверждать и решать те дела, в которых без него не могли обойтись, или те, которые желал ему предоставить обер-прокурор. В случае обсуждения предметов особой важности по назначению обер-прокурора собиралась Консультация – своеобразный совет министра, состоявший из начальников структурных подразделений Св. Синода.