Медресе – это школа, относящаяся к средней или высшей категории учебного заведения. Они также состояли при мечетях, но требовали значительно больше денежных средств на свое содержание, поскольку единственным источником финансирования являлась благотворительность. Поэтому они располагались лишь в городах или богатых деревнях, где были богатые и инициативные люди, желающие их обеспечивать и готовые нести бремя затрат. Знания, получаемые шакирдами в медресе, отличались глубиной и объемом. Сюда входили дисциплины, дающие элементарные светские знания по географии, истории, гигиене, физике, арифметике, геометрии, медицине и даже астрономии. Но все эти получаемые знания и уровень преподавания этих предметов учителями-мударрисами не выходил за пределы древних религиозных представлений о мире, человеке и природе, хотя их и можно было отнести к так называемым «новометодным» медресе. Здесь невозможно было узнать о новых достижениях науки и технического прогресса. Кадимитские (старометодные) бухарские учебные заведения перестали отвечать потребностям татарского общества, и вся выстроенная с момента официальной регистрации учебных заведений в 1830-х гг. система образования подлежала немедленной реформации и перестройке, поскольку от шакирдов особо не требовали думать «чтобы не заблуждаться». Видимо прав был известный религиозный деятель и реформатор Муса Бигеев, говоря: «Мы видели их мусульманами, наши медресе сделали из них кафиров».

Более того, шакирды в основном учились по учебникам, написанным на арабском или персидском языках, поэтому, проучившись много лет, многие из учеников так и не приобретали серьезных знаний, а сами предметы оставались неусвоенными. Закончив полный курс учебы, многие из них не владели даже грамотой, штудирование книг на непонятном языке и оторванность системы образования от реалий жизни не могли принести должного результата.

Так, например, будущий известный ученый из с. Нижней Елюзани Р. А. Вяселев (1900–1967) с 1907 г. учился в сельской мечети, а в 1909 г. по настоянию родителей (дед был против) отправился учиться за 25 км в мусульманскую начальную школу в с. Индерка, где помимо татарского и арабского, учили и русскому языку. Подобная тактика обучения действительно имела хоть какие-то перспективы.

Студенты медресе учились до 20-ти лет, после чего могли работать священнослужителями, учителями светских школ и т. д. Но сеть мусульманских учебных заведений тем не менее быстро росла: в 1902 г. на территории Пензенской губернии действовало 88 школ (13 медресе и 75 мектебе), в т. ч. в Пензе – 1 медресе, в Керенском уезде – 1 медресе и 4 мектебе, в Чембарском – 23 мектебе, в Краснослободском – 8 медресе и 25 мектебе, в Мокшском – 1 мектебе, в Нижне-Ломовском – 2 медресе, в Саранском – 1 медресе и 17 мектебе, Инсарском – 5 мектебе.