Первый случай того, что было воспринято им как исцеление больного по его молитве, произошел 19 февраля 1867 года – тогда он записал в своем дневнике: «Господи! Благодарю Тебя, яко по молитве моей, чрез возложение рук моих священнических исцелил еси отрока (Костылева)».

А потом таких чудес стало очень-очень много. Слава о батюшке росла по всей стране. На его службы в огромный собор собиралось до 7000 человек – больше он не мог вместить. На кронштадтской почте вынуждены были открыть еще одно отделение только для писем, адресованных отцу Иоанну.

Отец Иоанн стал много ездить по стране. И всюду, куда он приезжал, его окружали огромные толпы людей и часто буквально рвали его одежду.

А 15 июля 1890 года в Харькове собор не мог вместить всех молящихся, которые заполнили площадь перед храмом и все прилегающие улицы. Там было тысяч шестьдесят народу. То же самое происходило во всех городах, куда он приезжал.

В Москву отцу Иоанну приходилось прибывать тайно. Чтобы хоть как-то организовать толпы, на его службы пускали только по билетам.

Отец Иоанн ввел неслыханную практику публичных исповедей – это даже не общая исповедь, когда, возложив на большую толпу людей епитрахиль, священник сам называет грехи, а именно публичная: здесь люди исповедовались, выкрикивая публично свой грех на весь храм. Чувство стыда от того, что о твоем грехе слышат другие, усиливало искреннее покаяние.

Но однажды из-за этих исповедей у отца Иоанна состоялся особый разговор с правящим архиереем. Митрополит Исидор вызвал Иоанна к себе и строго спросил, по какому праву он нарушает каноны, допуская общую исповедь. Батюшка ответил:

«Скажите, почему ко мне недостойному, за тысячи верст ежедневно приходят тысячи обременных грехами, жаждущих, как «елень на источники водные», ища Христова утешения? Иной день их бывает до 14–15 тысяч. А я, грешный, по своей старческой немощи, поодиночке могу исповедать в день не более 50 человек. Придерживаясь буквы закона, я отпущу голодными 13 950 человек, и алчущим от голода слышания слова Божия, вместо хлеба жизни, должен дать камень формалистики и черствого отношения к омытым Кровию Сына Божия душам; вместо рыбы (духовного утешения) должен дать змею (огорчения), вместо яйца (духовного питания) дать скорпию (сердечной горечи)? Кто за это ответит? Разве они виновны в том, что жажда духовного утешения и желание снять тяжкое греховное бремя с души влекут их ко мне? Многие из которых пешком идут ко мне иногда за десять тысяч верст, по пути минуя тысячи пастырей, не находя у них требуемой ими воды живой текущей в жизнь вечную (Ин.4,14). А потому я не могу вас слушаться более, нежели Бога. Пою Богу моему, дондеже есмь»! (Дн.4, 19; Пс. 103, 33)