Однако к концу 1990‐х в России фактически не осталось крупных (по такому показателю, как количество общин) независимых (пусть даже номинально) региональных муфтиятов, которые не входили бы в структуру какого-либо межрегионального духовного управления. ДУМ РТ, являвшееся одним из учредителей Совета муфтиев России, не было здесь исключением. В отличие от ДУМ РБ, татарстанский муфтият не нуждался в Совете муфтиев России как гаранте его независимости. Ему, в частности, не угрожало поглощение со стороны ЦДУМ, так как вопрос этот уже был решен в результате личных договоренностей между президентом Татарстана и муфтием Таджуддином.

Вопрос о том, входил ли татарстанский муфтият в состав СМР, является дискуссионным. Исполнявший на тот момент обязанности муфтия ДУМ РТ Ильдус Файзов заявил в апреле 2011 г., что ДУМ РТ никогда «ни в Совет муфтиев России, ни в Центральное духовное управление мусульман (ЦДУМ), ни в Российскую ассоциацию исламского согласия (РАИС) не входило»[861]. Согласно разъяснению, данному мне Р. А. Набиевым, возглавлявшим Совет по делам религий при Кабинете Министров РТ с 1997 по 2007 г., ДУМ РТ действительно входило в Совет муфтиев России, но только до 1998-го, а не до 2011 г., как утверждается в большинстве источников. С 1998 г. муфтий объединенного ДУМ РТ Гусман Исхаков участвовал в работе СМР в личном качестве как сопредседатель. Других данных, указывающих на то, что в 1998 г. был изменен характер членства татарстанского муфтията в Совете муфтиев, у меня нет. После создания в 1998 г. нового юридического лица – Духовного управления мусульман Республики Татарстан – оно унаследовало членство в СМР от одноименной организации, функционировавшей до 1998 г. Были ли как-то переоформлены документы в самом СМР после изменений в правовом положении одного из его учредителей – ДУМ РТ, не вполне ясно. Таким образом, ДУМ РТ входило в Совет муфтиев с 1996 по 1998 г., а затем, до 2000 г., объединенный муфтият в той или иной форме продолжал участвовать в работе СМР.

С 2000 г. членом СМР вместо ДУМ РТ стал Казанский муфтият, учрежденный в этом же году по инициативе первого заместителя татарстанского муфтия Валиуллы Якупова. Одной из основных задач Казанского муфтията было взаимодействие с общинами за пределами республики. Избранный в 1998 г. муфтием Гусман Исхаков возглавлял одновременно ДУМ РТ и Казанский муфтият. Отсюда, возможно, появилось утверждение, что Г. Исхаков состоял в СМР в личном качестве. С выходом Казанского муфтията в 2011 г. из СМР прекратилось участие татарстанских мусульманских религиозных организаций в деятельности межрегиональных духовных управлений.