В период противостояния Президента России Б.Н. Ельцина и Верховного Совета РСФСР во главе с Р.И. Хасбулатовым, 26 сентября 1993 г., А.В. Руцкой назначил В.Н. Щербакова на должность мэра Санкт-Петербурга, отстранив А.А. Собчака. В 1994 г. А.А. Собчак уволил В.Н. Щербакова по причине расхождений во взглядах на направления развития города и по вопросам кадровой политики, но это решение было отменено городским и Верховным Судом Российской Федерации. После восстановления в должности он уволился по собственному желанию.
С 1994 по 1998 г. В.Н. Щербаков — депутат Законодательного Собрания Санкт-Петербурга. В том же 1994 г. назначен генеральным директором представительства государственной компании
«Росвооружение» по Северо-Западу России. Весной 1996 г. в ходе избирательной кампании по выборам губернатора Санкт-Петербурга В.Н. Щербаков участвовал в создании коалиции «И. Артемьев — В. Щербаков — В. Яковлев». После победы на выборах В. Яковлева приглашен в новое правительство города на должность первого вице-губернатора, курирующего социальную сферу. В этой должности он проработал до 2000 г. В том же году он получает новое назначение — директором представительства Акционерной компании «АЛРОСА». Большую общественную работу В.Н. Щербаков ведет и в настоящее время. Он является вице-президентом Международной ассоциации общественных организаций ВМФ подводников, академиком РАЕН, Академии проблем безопасности, обороны и правопорядка, Академии транспорта РФ, Петровской академии наук и искусств, Академии информатизации образования, Национальной академии ювенологии, Международной академии наук, технологий инжиниринга, Международной академии экологии, безопасности человека и природы[1138].
С начала XXI в. дом № 36 дважды попадал в хронику городских происшествий, и оба раза в связи со случившимся в нем пожарами. Первый раз 27 декабря 2003 г. пожар охватил 4,5 тыс. кв. м площади и из здания пришлось эвакуировать более 60 человек. Второй раз — 5 мая 2005 г. Пожар начался около часа дня. В доме № 36 загорелась квартира на пятом этаже и чердак. Пожару присвоили второй номер сложности. Бойцам пожарной части № 8 удалось эвакуировать из квартиры мужчину-инвалида. В огне оказались 100 м чердака и 30 м жилого помещения, к тому же произошло частичное обрушение чердачных перекрытий.
В 2009 г. на основании Распоряжения Комитета по государственному контролю, использованию и охране памятников истории и культуры № 10–33 от 20.10.2009 г. здание включено в Единый государственный реестр объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Российской Федерации в качестве объекта культурного наследия регионального значения[1139].