В том, что касалось наследования престола, Иоанн Орфанотроф прежде всего настаивал, чтобы ничего не делали без согласия императрицы. Она одна воплощала собой законное наследование трона, и ее поддержка была крайне важна. Итак, он и племянник отправились к Зое; Михаил бросился к ногам приемной матери, обещая быть ее рабом. Старая, слабая, глупая и легковерная Зоя не имела советников, и ее легко удалось убедить в чем угодно, так что с ее благословения Михаил V отправился на свою коронацию. Ни один император не имел меньше прав на престол. Низкого происхождения, не сделавший никакой военной карьеры, он был обязан своим возвышением махинациям своекорыстного министра и слабости глупой старухи. В первые недели царствования он сохранял подобающую скромность, но затем Иоанн начал замечать, что его поведение меняется и что враждебность Михаила поощряет собственный брат Иоанна Константин, ставший главнокомандующим армией. Еще через несколько дней у пристани поместья Иоанна появилось судно под императорским флагом, с требованием немедленно явиться во дворец. Орфанотроф предчувствовал дурное, но решил повиноваться. Когда он приблизился к Большому дворцу, наблюдавший с верхней террасы император подал условный знак; судно развернулось, затем к нему подошел другой корабль, взял Иоанна на борт и увез в ссылку. Больше он Константинополя не увидел.

Отныне Михаил Калафат мог воплощать собственные замыслы. Вначале он выступил против придворных аристократов, которые всегда относились к нему с плохо скрываемым презрением; одного за другим он лишал их привилегий до тех пор, пока они не начали бояться за свою жизнь. Затем он заменил состоявшую из варягов охрану скифской, верность которой обеспечил совершенно несоразмерным жалованьем. Низам он предоставлял все больше свобод – на том основании, что его авторитет должен быть основан на народной любви. Неудивительно, что низы на это откликнулись: очень скоро он начал считать себя всеми любимым отцом народа. После этого он был готов перейти к следующей стадии своего плана – устранению Зои. Она, конечно, не причинила ему никакого вреда, но воплощала собой все то, что он ненавидел: старую аристократию, Македонскую династию, закоснелые придворные традиции. Ему было мало того, что она стара и живет почти в забвении; она должна отправиться в ссылку. На следующее после Пасхи воскресенье, 18 апреля 1042 года, Зою арестовали по обвинению в попытке цареубийства. Свидетелей подкупили, а ей даже не позволили высказаться в свою защиту. Ей остригли волосы и отвели к отдавшему этот приказ императору; после ее той же ночью отвезли в монастырь на острове Принкипо в Мраморном море.