Весть о взятии Иерусалима не могла не обрадовать Алексея, однако ситуация в Антиохии вызвала у него серьезную тревогу. Империя уже возвращала себе этот древний город и патриархию в 969 году, после многих веков мусульманской оккупации, и до 1078 года Антиохия оставалась частью Византии. Большинство ее жителей говорили по-гречески и исповедовали православие, и в глазах Алексея город был полностью византийским. Теперь же его захватил норманнский авантюрист, который, несмотря на данную клятву, не собирался отдавать город императору. Он зашел настолько далеко, что изгнал греческого патриарха и заменил его латинянином. Так что можно себе представить удовлетворение Алексея, когда летом 1100 года Боэмунда взяли в плен местные турки и увезли в цепях в дальний замок в Понте. Там он пробыл три года, пока его наконец не выкупил Балдуин, ставший королем Иерусалима после своего брата Готфрида.

В течение первых нескольких лет после триумфального Первого крестового похода стало ясно, что Боэмунд не одинок в своем отношении к Византии. После захвата Иерусалима истинные пилигримы стали потихоньку возвращаться домой; франки, оставшиеся в Утремере (как стали называться земли крестоносцев на Ближнем Востоке), были военными авантюристами и собирались захватить все, что только сумеют. Из всех предводителей Первого крестового похода лишь Раймунд Тулузский, по иронии судьбы отказавшийся дать клятву верности, повел себя добросовестно и вернул империи некоторые завоевания из числа территорий, которые прежде принадлежали Византии. Ко времени освобождения Боэмунда в 1103 году крестоносцы почти без разбора сражались с арабами, турками и византийцами, время от времени заключая краткие перемирия. В начале лета они потерпели сокрушительное поражение от турок в битве при Харране недалеко от Эдессы. Армии Боэмунда удалось уйти, однако войско Эдессы перебили почти без остатка; Балдуина и его кузена Жослена де Куртене взяли в плен.

Эта катастрофа нанесла первым крестоносцам удар, от которого они так и не оправились. Она фактически перекрыла важный сухопутный канал снабжения с Запада и дала Алексею возможность вернуть несколько значимых крепостей и прибрежных городов. Боэмунд, которому грозила серьезная опасность, в конце осени отбыл в Европу, чтобы собрать подкрепления. Прибыв в Апулию в начале 1105 года, в сентябре он отправился в Рим, чтобы встретиться с папой Пасхалием II, которого без труда убедил в том, что врагом государств крестоносцев были не арабы и не турки, а византийский император. Во Францию он поехал в сопровождении папского легата, которому были даны указания призывать к священной войне против Византии.