Два года после коронации прошли для Мануила относительно мирно, однако зимой 1393/94 года Баязид призвал своих христианских вассалов в лагерь в Сере. Помимо императора, туда отправился его брат Феодор, деспот Мореи, его тесть Константин Драгаш, племянник Иоанн VII и сербский князь Стефан Лазаревич. Ни один из них не знал, что всех прочих тоже призвали к султану, и, лишь собравшись вместе, они осознали, до какой степени они оказались в его власти. Мануил, как и все остальные, подумал, что их всех собирались перебить и что Баязид отменил приказ в самый последний момент. Какие еще требовались доказательства, что к тому времени султан был эмоционально неуравновешен, а следовательно, более опасен, чем когда-либо? В конце концов, предупредив вассалов о грозных последствиях неподчинения его воле, султан их отпустил. Потрясенный Мануил спешно вернулся в Константинополь и до конца своих дней считал, что ему чудом удалось избежать смерти.

Вскоре Баязид призвал его снова, но на сей раз Мануил отказался. События в Сере убедили его в том, что время политики умиротворения закончилось и единственная надежда заключалась в сопротивлении. Он не питал на этот счет никаких иллюзий: его неповиновение расценят как отказ от вассальной зависимости, то есть фактически как объявление войны. Он пошел на этот риск лишь потому, что все еще был уверен в неприступности стен Константинополя. Когда город дважды сдавался перед вооруженными силами во время Четвертого крестового похода, в обоих случаях нападение производилось с моря, где вдоль побережья Золотого Рога располагались более низкие укрепления. Подобная атака была невозможна для Баязида, не имевшего действующего флота. Кроме того, Мануила поощрял король Венгрии Сигизмунд: его все больше беспокоило неуклонное наступление турок, и в 1395 году он обратился с призывом ко всем правителям христианского мира.

На этот раз они откликнулись, как и два соперничавших между собой папы – Бонифаций IX в Риме и Бенедикт XIII в Авиньоне. 10 000 французских и 6000 немецких рыцарей присоединились к армии Сигизмунда численностью 60 000 человек и к 10 000 тех, кого собрал воевода Валахии. Еще 15 000 человек прибыли из Италии, Испании, Англии, Польши и Богемии. Генуэзцы на Лесбосе и Хиосе, а рыцари на Родосе взяли на себя ответственность за устье Дуная и Черноморское побережье. Даже Венеция прислала корабли для патрулирования Дарданелл. Это огромное войско, почти наверняка насчитывавшее более 100 000 человек, в августе 1396 года двинулось по долине Дуная. Постоянные попытки Сигизмунда внушить воинам дисциплину и его призывы к осмотрительности были напрасными: пылкие молодые рыцари считали себя героями прежних времен, которые погонят врагов до самых врат храма Гроба Господня. Примерно через месяц после начала похода они дошли до Никополя, и именно там их нагнал султан. То, что произошло утром 25 сентября, можно назвать лишь массовой резней. Около 10 000 человек были обезглавлены в присутствии султана, множество людей попали в плен. Битва при Никополе стала своего рода рубежом: это была первая проба сил в войне между Западом и османским султаном, и вряд ли она могла служить хорошим предзнаменованием.