19 января 1421 года старший сын Мануила Иоанн женился (крайне неохотно) на Софии Монферратской. Его первая жена умерла от чумы тремя годами ранее в возрасте пятнадцати лет; второй брак оказался еще более несчастливым. Бедняжка София была совершенно некрасива; злые языки говорили, что ее фигура спереди похожа на Великий пост, а сзади – на Пасху. Иоанн сослал ее в дальнюю часть дворца и не делал попыток вступить с ней в супружеские отношения. В конце концов в 1426 году она сбежала и вскоре ушла в монастырь. Однако истинная важность этого второго брака заключалась в том, что он стал подходящим поводом сделать Иоанна соправителем. Помня о том, какие трудности он сам испытывал поначалу, Мануил дал всем понять, что намерен сделать старшего сына своим преемником. Он тщательно обучил сына искусству управления государством, и молодой Иоанн был превосходно подготовлен к тому, чтобы занять императорский трон. С того времени он играл все более значимую роль в государственных делах. Как и многие представители младшего поколения, Иоанн считал, что необходимо проводить более агрессивную политику. При жизни Мануила и Мехмеда положение дел практически не менялось, однако 21 мая 1421 года Мехмед внезапно скончался, и его преемником стал старший сын Мурад II.

Выступавшая за войну фракция в Константинополе, в которую входил и Иоанн, потребовала, чтобы Византия воздержалась от признания Мурада султаном и чтобы против него выставили претендента Мустафу, находившегося в заключении на Лемносе. Это предложение привело Мануила в ужас, но он был стар, устал и вскоре сдался. Его правота очень скоро подтвердилась. Мустафу отпустили, и с помощью византийцев он быстро закрепился в Румелии, однако в январе 1422 года при попытке вторгнуться в Анатолию потерпел сокрушительное поражение и был вынужден бежать назад в Европу. Пару недель спустя из Малой Азии прибыл Мурад, положивший конец всем его надеждам. Однако разъяренный султан теперь был настроен на войну. Отправив часть армии на блокаду Фессалоник, сам он повел основное войско на Константинополь. Дойдя до города, он построил огромный вал, шедший параллельно Феодосиевым стенам от Мраморного моря до Золотого Рога; благодаря этому валу катапульты турок смогли перебрасывать снаряды через крепостные валы Константинополя. Однако защитники города проявили мужество и стойкость и неустанно трудились под командованием Иоанна.

К счастью для византийцев, султан был суеверен. Один старец предсказал, что Константинополь падет 24 августа, и в этот день Мурад сосредоточил все свои усилия на массированной атаке, однако защитные сооружения каким-то образом выстояли. Разочарованный и удрученный, он приказал снять осаду. Правда, для этого решения были и другие причины. С обеих сторон мало кто понимал, что старый Мануил тайно плетет интриги, чтобы в отсутствие Мурада посадить на османский престол младшего сына покойного султана, тринадцатилетнего Мустафу, и что Мурад, узнав об этом, был вынужден уйти, чтобы избежать нового витка гражданской войны.