Антисемитская пропаганда не учитывала этих нюансов. Она изображала евреев сплоченной массой, стремящейся подорвать устои империи. Одной из видных фигур антисемитского фронта был уроженец Кишинева П.А. Крушеван — уже известный нам редактор газеты «Знамя», на страницах которой впервые были опубликованы «Протоколы сионских мудрецов». В Кишиневе он издавал газету «Бессарабец». Евреи прямо обвиняли редактора в подготовке погрома, сионист Пинхус Дашевский даже пытался отомстить ему при помощи кинжала. Антисемитские настроения господствовали среди конкурентов евреев по торговым делам. Купец Г.А. Пронин печатал зажигательные статьи и фактически подстрекал русское и молдавское население к расправе над иноверцами. Свой вклад в раздувание национальной и религиозной розни внесли наиболее консервативные круги православного духовенства. Пронин поддерживал контакты с Иоанном Кронштадтским. Некоторые послания известного проповедника звучали как обличения иудеев.

Волнения в Кишиневе начались 6 апреля 1903 г. — в первый день православной Пасхи. За неделю до православного праздника отмечалась Пасха по иудейскому религиозному календарю. По старинному поверью, эти дни считались опасными для христианских детей, так как евреи якобы использовали их кровь для религиозных обрядов. Непосредственно перед погромом распространились слухи, что в соседних Дубоссарах было совершено ритуальное убийство. В самом Кишиневе передавали за достоверное, что некий еврейский врач пытался выцедить кровь из девушки-прислуги. Хотя эти слухи оказались ложными, следующий день ознаменовался разгромом синагоги и массовым грабежом еврейских жилищ. К полудню 7 апреля произошло первое убийство, а к вечеру насчитывалось 42 убитых (38 евреев и 4 христианина). На третий день погром был прекращен.

По аналогии с 1881–1882 гг. оппозиционные элементы возложили вину за кишиневский погром на царское правительство в целом и министра внутренних дел в частности. Плеве оказался в положении человека, вторично заподозренного в подготовке межнациональных столкновений. В России подобные подозрения не могли быть высказаны вслух из-за цензурных препятствий. Однако в иностранной прессе появились обвинения в адрес русского министра. Публиковалось конфиденциальное письмо Плеве бессарабскому губернатору Р.С. фон Раабену, в котором министр рекомендовал снисходительно относиться к борьбе христианского населения против своих врагов. Подлинность данного документа вызывает серьезные сомнения. Равным образом представляются неубедительными другие улики против Плеве. Частные письма к подчиненным были совсем не в духе действий министра. Генерал фон Раабен, по утверждению хорошо осведомленных лиц, был человеком, далеким от министра и никогда не удостаивавшимся его доверия.