Подполковник Иванов оказался на суде в двойственном положении. Он был вызван в качестве свидетеля защитой, знавшей о его благожелательном отношении к частному расследованию журналиста Бразуля-Брушковского. Однако, как вспоминал адвокат Д.Н. Григорович-Барский, подполковник отказался от своей прежней уверенности в невиновности Бейлиса, «заявляя о запамятовании наиболее важных в интересах защиты обстоятельств». Разочарование адвокатов Бейлиса было настолько большим, что Грузенберг в сердцах назвал жандарма «бесчестным свидетелем».

Основная борьба развернулась вокруг ритуальной версии. Во время процесса на все лады склоняли хасидов, т. е. последователей религиозно-мистического течения в иудаизме, получившего распространение в Галиции с XVIII в. Прокурор и поверенные гражданских истцов утверждали, что усадьба Зайцева являлась центром хасидизма в Киеве, а кровь мальчика понадобилась для освящения молельни, заложенной весной 1911 г. По их словам, кровавый обряд был совершен местным цадиком (духовным наставником хасидов) Файвелом Шиеерсоном и двумя жрецами «из рода Аарона» — Ландау и Эттингером, прибывшими ради такого торжественного случая из-за границы. Якобы Бейлис был подручным этих жрецов, в его задачу входило поймать мальчика, игравшего на территории кирпичного завода, и отвести его к погасшей печи, где и было совершено жертвоприношение. Вся эта фантастическая картина убийства сложилась постепенно в течение двух лет, эпизод за эпизодом благодаря различным добровольным осведомителям из черносотенного лагеря. О хасидах впервые заговорил студент Голубев, о двух таинственных евреях в странных одеяниях — Вера Чеберяк и ее муж, а имена этих евреев назвал ростовщик Розмитальский, председатель местного отдела «Союза русских людей». Знакомый Бейлиса — мелкий торговец Файвел Шнеерсон был произведен в цадики потому, что он был однофамильцем и земляком цадика Залмана Шнеерсона, распространявшего хасидизм в XIX в.

Для решения вопроса о ритуале были проведены три экспертизы: медицинская, психиатро-психологическая и богословско-историческая. Каждая из сторон пригласила своих экспертов. Поскольку профессор Оболенский к этому времени скончался, обвинение использовало в качестве эксперта петербургского профессора-паталогоанатома Д.О. Косоротова. Департамент полиции был настолько заинтересован в его научном авторитете, что заплатил профессору 4 тыс. руб. из секретных фондов Министерства внутренних дел. Косоротов и прозектор Труфанов объяснили присяжным заседателям, что целью убийства Ющинского было причинение мучений и извлечение крови. Эксперты защиты — лейб-хирург Е.В. Павлов и профессор А.А. Кадьян — утверждали прямо противоположное. По их мнению, преступники стремились как можно скорее умертвить свою жертву, не собираясь ее обескровливать.