Отзвуки дела Бейлиса некоторое время волновали Департамент полиции. Замысловскому была выдана крупная сумма денег для издания книги о киевском деле. Чиновник Департамента полиции Любимов предлагал своему шефу продолжать расследование убийства. Однако жандармы предпочитали ограничиться наблюдением за действиями частных сыщиков. Так, было получено известие о поездке бывшего пристава Красовского в США на поиски важных свидетелей по делу Бейлиса. В декабре 1913 г. товарищ министра внутренних дел В.Ф. Джунковский сообщил министру юстиции о том, что в Киев из Лондона прибыл детектив, который вместе с бывшим начальником сыскной полиции Рудым собирается обнаружить настоящих убийц.

Впоследствии эта информация оказалась неточной, но из возникшей по данному поводу переписки видно, что Щегловитов старался поскорее забыть о позорно провалившемся процессе. Как и раньше, он давал Министерству внутренних дел четкие инструкции, но уже совсем иного содержания. Щегловитов писал, что Министерство юстиции не имеет данных для нового расследования и «было бы в высокой степени полезно воспрепятствовать предпринимаемым розыскам». Он также рекомендовал предупредить Рудого, что «подобная его деятельность, по всей вероятности, возбудит местные страсти, а это обстоятельство может повлечь за собой высылку его из Киева».

После падения монархии Временное правительство сняло неофициальный запрет на расследование этого дела. Чрезвычайная следственная комиссия собрала целый комплекс материалов по данной теме, но октябрьские события прервали ее работу. Большевистские власти также намеревались выяснить истину. Кончилось все тем, что в 1919 г. Киевская ЧК расстреляла Веру Чеберяк, а московский революционный трибунал осудил прокурора Виппера.

Убийц Андрея Ющинского найти не удалось. Об этом таинственном убийстве можно высказать только предположения. Сторонники различных версий проявляли удивительное единодушие в том, что искали группу преступников. На это настраивали выводы экспертов, предполагавших, что один человек не мог совершить столь сложное преступление. Поскольку трудно было допустить существование целой группы людей с одинаковым душевным расстройством или одинаковыми сексуальными отклонениями, практически не рассматривалась версия об убийце-садисте или сумасшедшем. Между тем академик Бехтерев отмечал, что убийцей мог быть одиночка.

Детектив Кошко считал возможным убийство душевнобольным или сексуальным маньяком. Аналогичные преступления не были редкостью. Не прошло и месяца после завершения процесса над Бейлисом, как в киевском предместье Фастове было обнаружено тело мальчика приблизительно такого же возраста, что и Андрей Ющинский, и также с 13 ранами на шее. К счастью для еврейского населения, убийца был захвачен почти на месте преступления. Им оказался многократно судимый Иван Гончарук. Убийство, как он объяснял, было совершено из мести, но, по всей видимости, главную роль здесь играли садистские мотивы. Такой же преступник (если не сам Гончарук) мог совершить убийство на Лукьяновке.