Психиатро-психологическую экспертизу со стороны обвинения представлял профессор Сикорский. Его выступление на суде было еще более предвзятым, чем заключение, подготовленное для следственных властей в самом начале дела. Убедительное опровержение его выводов дал академик В.М. Бехтерев, ученый с мировым именем.

Департамент полиции принял участие в подготовке богословско-исторической экспертизы. По просьбе Замысловского директор департамента Белецкий распорядился приобрести за границей редкую книгу — «Каббала Бабеля», содержавшую сведения о ритуальных убийствах. Во время процесса прокурору понадобились ссылки на саратовское ритуальное дело. Жандармский ротмистр экстренно доставил многотомные материалы из Петербурга. Впрочем, председатель суда отказал в оглашении этих материалов — «ввиду крайнего утомления присяжных, которые начинают дремать при чтении даже кратких документов».

Обвинение возлагало надежды на католического священника Иустина Пранайтиса, который вел миссионерскую деятельность в Туркестанском крае, а до этого был профессором древнееврейского языка в католической академии в Петербурге. Он заявил, что со Средних веков евреи почитают выше Торы и Талмуда предписания каббалы, а одно из основных каббалистических сочинений, «Зогар», предписывает приносить в жертву христианских детей; при этом жертве закрывают рот и после двенадцатикратного испытания ножа наносят тринадцатую, смертельную рану. Тело жертвы нельзя предавать земле, а требуется бросить в укромном месте. Пранайтис обратил внимание суда на то, что Андрею Ющинскому при убийстве закрыли рот и нанесли 13 ран в висок. По мнению эксперта, цифра 13 имела мистическое значение и обозначала слово «эхад», с которым служители каббалы покидают земной мир.

Эксперты защиты показали всю зыбкость ритуальной легенды. Прежде всего они объяснили, что каббала является теософическим учением и каббалисты никогда не занимались описанием обрядов. Профессор Петербургской духовной академии И.Г. Троицкий указал, что Пранайтис пользовался неправильным переводом книги «Зогар» и то место, где говорилось о ритуальном убийстве, «на самом деле относится к убиению скота, но никоим образом не к убою людей».

Труднее всего обвинителям было доказать, что Талмуд, окончательно сложившийся в V в. н. э., и каббала, возникшая в XVIII в., руководили жизнью евреев в XX в. Во имя чего судят Бейлиса, спрашивал Грузенберг: «во имя критики Зогара, каких-то мертвенных книг, которых 9/10 евреев не видали и о которых не слыхали». Даже обладая самой необузданной фантазией, нельзя было увидеть цадика в мелком торговце сеном Шнеерсоне или жрецов в двух молодых людях — Эттингере и Ландау, приехавших на суд из Австрии. Когда поверенные истцов упомянули, что Бейлис принадлежит к древнему и почитаемому всеми иудеями роду, со скамьи подсудимых раздался смех.