Джунковский принял общее руководство органами полиции, хорошо представляя себе методы работы и взгляды Белецкого, так как перед этим он семь с половиной лет занимал пост губернатора Москвы, и впоследствии, говоря о принципиальных разногласиях с Белецким по поводу секретных операций, он категорически отрицал, что правда о Малиновском была известна ему до смещения Белецкого.

Поскольку Белецкий, по словам его шефа, также признавал, что они придерживаются разных точек зрения, докучливый директор Департамента полиции, вспоминал Джунковский, намеренно «переутомлял меня всякой мелочью, испрашивая моего согласия на разные пустяки, стараясь этим отвлечь меня от главного, существенного». А когда Джунковский воспротивился «преступному» и «развращающему» использованию учащихся в роли осведомителей, которых заставляли доносить на своих товарищей (по этим доносам производились аресты в Петербурге после апрельских демонстраций 1913 г.), то, писал он, «как мне Белецкий ни доказывал необходимость этого, я не мог с ним согласиться». И Джунковский издал приказ, запрещающий вербовать осведомителей из числа учащихся; однако выяснилось, что не все приняли его к исполнению. По мнению Джунковского, «это было не без участия Белецкого. Я решил прибегнуть к крайней мере — виновные в неисполнении моего распоряжения были отчислены от своих должностей без всяких объяснений».

Джунковский утверждает также, что избавил от полицейских осведомителей армию. Особенно его огорчала причастность к агентуре командного состава, причем некоторые офицеры требовали, чтобы секретные агенты распространяли листовки и провоцировали волнения, дабы оправдывать аресты предполагаемых смутьянов. Военный министр В.А. Сухомлинов, по всей видимости, относился благосклонно к этим «ужасам», тем не менее Джунковский издал еще один приказ, запрещающий подобную деятельность, хотя и сомневался, что его станут выполнять.

По свидетельству Джунковского, тотчас по вступлении в новую должность он ввел и другие изменения: положил конец полицейскому произволу в отношении пассажиров на железных дорогах; разрешил перлюстрировать письма только тех лиц, кто реально нарушал интересы законности и порядка; смягчил существовавший порядок ссылки — он вообще был против ссылки, ибо считал, что она только укрепляет оппозицию. Пользуясь данной ему властью, вспоминал Джунковский, он нередко сокращал срок ссылки, рекомендованный Особым совещанием, «никогда не отказывал в просьбах об отправлении в место ссылки на собственный счет взамен этапа (который был связан с немалыми лишениями), а также почти никогда не отказывал в замене высылки выездом за границу, не видя в этом никакой опасности для государства».