Но Фридрих не повел армию в массовый Крестовый поход на Восток. В конце 1220-х гг. он совершил поездку в Иерусалимское королевство и там благодаря своему редкому взаимопониманию с султаном аль-Камилем смог достичь того, что многие считали невозможным, – возвращения христианской власти в Святой город. В личных переговорах с султаном Фридрих добился передачи Иерусалима христианам при условии, что мусульманам будет оставлен беспрепятственный доступ в Харам аль-Шариф и они смогут молиться в Куполе Скалы и мечети Аль-Акса. Фридрих принял титул и корону короля Иерусалима, однако вернулся в Европу, оставив повседневное управление в руках назначенных наместников. Хотя гармония и политическое равновесие сохранялись всего шестнадцать лет, это было удивительное достижение, бескровное и равно благоприятное для обеих сторон, и в ответ Фридрих мог бы ожидать от христианского мира благодарности и восхищения. Увы, этого не произошло.

В течение жизни Фридрих Гогенштауфен постоянно ссорился с папами и поставил своего рода рекорд – его четырежды отлучали от церкви. По сути, в то самое время, когда его короновали как короля Иерусалима в Храме Гроба Господня в 1229 г., он был формально исторгнут из лона римской церкви. Он стал заклятым врагом папы Григория IX (пр. 1227–1241), человека деспотичного и брюзгливого, по характеру очень похожего на Иннокентия III и считавшего своей главной миссией на земле искоренение ереси, повсеместное преследование неверующих и внушение всем земным правителям мысли, что их власть ничто по сравнению с папским величием. С ужасом осознав, что власть Фридриха в Сицилии, Южной Италии, Германии и Ломбардии дает династии Гогенштауфенов возможность окружить папские государства и доминировать над папами, Григорий неоднократно обвинял Фридриха в ереси и поощрял других правителей вторгаться в земли Гогенштауфенов. Эта вражда пережила обоих: с 1240-х по 1260-е гг. сменявшие друг друга папы призывали к войне против Фридриха и его преемников. Тем, кто решил вместо похода в Святую землю остаться на Западе и сражаться с императором Священной Римской империи, разрешали носить знаки крестоносцев и обещали полное отпущение грехов. В конце концов Гогенштауфены потерпели поражение – удача оставила их в 1268 г., когда шестнадцатилетний внук Фридриха Конрадин, коронованный король Иерусалима, был захвачен союзниками папы в ходе борьбы за власть на Сицилии, доставлен в Неаполь и обезглавлен. Трудно представить себе большее искажение – или даже извращение – первоначальной идеи Крестового похода, чем латинский король Иерусалима, потерявший голову в войне против папы. Однако именно так обстояли дела в мире.