Самой успешной операцией японской разведки стал сбор секретных сведений о России на самой ее территории, особенно в предвоенные годы. Царский режим оказался не в состоянии противостоять ее натиску и эту важнейшую фазу войны на «невидимом фронте» (как, впрочем, и на фронте видимом), несмотря на ряд частных успехов, проиграл. Безответственность и гнилость верховной власти, рутина, непрофессионализм, меж– и внутриведомственные противоречия, серьезные организационные и кадровые просчеты, отчасти недостаточное финансирование – таковы причины, по которым японская разведывательная сеть в России, которая была создана еще в довоенный период, раскрыта и обезврежена не была. Так же неудовлетворительно, как и контрразведка на территории империи, в предвоенные годы сработала российская военная разведка за рубежом. В результате русское командование не имело достоверных сведений ни о стратегических планах будущего противника, ни о численности японских вооруженных сил, систематически занижая ее в своих расчетах. Несостоятельность военной разведки и, как следствие, недооценка противника в конечном итоге привели Россию к поражению в этой войне.

Провалы и недоработки военной разведки пришлось исправлять уже в ходе самой войны силами гражданских ведомств. Наибольшие успехи в этой сфере связаны с деятельностью специальной секретной службы, так называемой «шанхайской агентуры», образованной в начале апреля 1904 г. по «высочайшему повелению» по ходатайству наместника на Дальнем Востоке. Созданная «на ходу» и вынужденная действовать в крайне неблагоприятной, практически, военной обстановке, через считанные месяцы после возникновения она превратилась в мощный разведывательный центр с разветвленной агентурой, которой удавалось одинаково успешно бороться как с японской разведкой на Дальнем Востоке, так и поставлять русскому военному и политическому руководству ценнейшую и разностороннюю информацию о противнике. Наряду с этим глава шанхайской «разведочной службы», бывший российский посланник в Корее А.И. Павлов и его сотрудники, чиновники МИД и Министерства финансов, занимались негласным «руководительством» китайской и корейской прессы, слежкой за передвижениями японских морских офицеров по странам Юго-Восточной Азии и в Индонезии, закупали для эскадры Рожественского уголь и вспомогательные суда, трудились над организацией диверсий в тылу японской армии, покупали и доставляли продовольствие в блокированный японцами Порт-Артур, а после его сдачи участвовали в эвакуации на родину раненых солдат гарнизона и нескольких тысяч гражданского населения.