«Исследователь» был отведен на постоянную стоянку в сиднейской бухте, где он должен был использоваться как склад. Пушкарь Роберт Колпиттс был оставлен на нем в качестве сторожа.

Наконец все было готово к отплытию, и 10 августа «Морская свинка» в сопровождении двух кораблей — «Бриджуотер» и «Катон» — покинула Сидней. «Бриджуотер» и «Катон», принадлежавшие Ост-Индской компании, направлялись в Индию. Их капитаны хотели проверить новый путь туда через Торресов пролив.

Корабли взяли курс на северо-запад. В первый день они шли медленно, но затем подул благоприятный ветер, и скорость увеличилась до 100 миль в день. В течение пятого дня плавания корабли покрыли даже 160 миль. К концу седьмого дня они оставили за собой 745 миль морского пространства. Все шло прекрасно. Но восьмой день стал одним из самых страшных дней в жизни Флиндерса. Двенадцать лет он провел в плаваниях, попадал в труднейшие ситуации; но всегда выходил из них благополучно. И вот теперь, когда Флиндерс возвращался в Англию, уже многого добившись и надеясь в ближайшее время достигнуть гораздо большего, его ждало самое неприятное, что может случиться с моряком, — кораблекрушение. Сначала «Морская свинка», шедшая впереди, а затем «Катон» разбились о рифы. Это случилось в 200 милях к северо-западу от залива Херви. «Бриджуотер» не пострадал.

В первые минуты после катастрофы Флиндерс думал только о спасении людей и материалов экспедиции. Он приказал спустить на воду шлюпку, намереваясь идти на ней за помощью к «Бриджуотеру». Но высокая волна отбрасывала шлюпку назад, и Флиндерс вынужден был вернуться на борт «Морской свинки».

Когда рассвело, Флиндерс увидел в полумиле от места кораблекрушения песчаную отмель. Через несколько часов команды обоих кораблей были уже вне опасности. Удалось спасти большую часть продовольствия, пресную воду, палатки, оружие, порох, различные инструменты. Флиндерс приказал подавать сигналы «Бриджуотеру», но с судна не последовало ответа, и вскоре оно скрылось из виду. Э. Полнер, капитан «Бриджуотера», совершил тягчайшее преступление: бросил на произвол судьбы попавших в беду товарищей. Придя в Бомбей, Полнер написал отчет о плавании, в котором утверждал, что ничем не мог помочь морякам с «Морской свинки» и «Катона», потерпевшим бедствие. Это была очевидная ложь, ибо Полнер и не пытался этого сделать. Жестокосердие было скоро наказано: «Бриджуотер», покинув Бомбей, бесследно исчез в океане.

Моряки, спасшиеся на маленьком островке, посовещавшись, решили, что Флиндерсу с небольшой командой надо попробовать на катере добраться до Сиднея.