В то время как англичане и все обитатели Купанга радовались заключению Амьенского мира, этот договор не соблюдавшийся с самого начала, совсем потерял свою силу. 8 марта 1803 г. британский король Георг III в своем послании палате общин заявлял, что Франция угрожает безопасности Англии и что он «рассчитывает на содействие своей верной палаты, дабы были приняты все возможные меры к защите чести и интересов английского народа».

Наполеон отнесся к этому посланию как к объявлению войны. Собрав в Париже иностранных послов, он сказал: «Англичане желают войны; но если они первыми обнажат меч, я последним вложу его в ножны. Англия не уважает договоров. Ну что же, завесим их черным покрывалом!»

12 мая Англия отозвала своего посла из Парижа. Франция уважала заключенные договоры не более Англии. Всего лишь через месяц после заключения Амьенского мира Наполеон попытался подорвать владычество Англии в Индии. В Индию на шести судах отправился французский отряд в составе 1800 человек под командованием генерала Декана. Но французы потерпели неудачу у Пондишери и вынуждены были идти к Маврикию, где и закрепились на восемь лет, до 1811 г., совершая непрерывные нападения на английские суда, плававшие в Индийском океане.

Однако на Тиморе об этом ничего не знали. 7 апреля «Исследователь» был готов начать плавание. В полдень Флиндерс с несколькими офицерами отправился на обед к губернатору. Возвратившись на корабль, он обнаружил, что два члена экипажа — кок Уильямс, малаец, и Мортлейк, поступивший на «Исследователь» в Порт-Джексоне, — исчезли. Флиндерс тут же послал лейтенанта Фоулера сообщить губернатору о дезертирах. И хотя тот, симпатизируя Флиндерсу, принял все необходимые меры, беглецов найти не удалось. Они успели скрыться в глубине острова. Прождав до утра и убедившись, что следы дезертиров не обнаружены, Флиндерс распорядился выходить в море. Дав тридцатизалповый салют, «Исследователь» покинул гавань.

В инструкций Адмиралтейства Флиндерсу предписывалось сразу же после завершения исследования северного побережья Новой Голландии обследовать район Индийского океана к юго-западу от Тимора. Это место, по рассказам голландских мореплавателей, побывавших там еще в XVII в., было опасно для судоходства из-за многочисленных рифов и мелей. То же говорил и Дампир, но со слов других, поскольку сам он не проводил здесь исследований. Адмиралтейству важно было знать действительное положение вещей, ибо, как указывалось в инструкции, если окажется, что этот район океана благоприятен для судоходства, «корабли Ост-Индской компании при частом использовании в дальнейшем этого прохода получат огромное преимущество». Поэтому Флиндерс, покинув Тимор, направился на юго-запад, делая многочисленные (дважды в течение часа) промеры глубин океана. Десять дней продолжалась эта работа. Никаких рифов Флиндерс не обнаружил. «Ничего нет, кроме неба и воды», — записал он в дневнике. Его заключение было благоприятным: корабли Ост-Индской компании могут не боясь использовать этот путь.