В память о столь удивительной встрече Флиндерс назвал бухту, где стояли малайские суда, Малайским заливом, а близлежащий остров — островом Побассо.

И англичане, и малайцы торопились продолжать свой путь. Поэтому 19 февраля они расстались. Побассо повел свои суда на юго-восток, а Флиндерс — на запад. Он прежде всего решил тщательно исследовать острова Английской компании. Две недели «Исследователь» передвигался от острова к острову, а Флиндерс наносил на карту их расположение.

Завершив эту работу, Флиндерс направился к заливу Арнем. На вельботе он прошел вдоль всего побережья залива, а затем взял курс на острова Уэссел. Время шло быстро. Срок жизни «Исследователя», определенный Эйкеном и Мэртом, пугающе сокращался. Флиндерс должен был окончательно решить, что делать: идти дальше или вернуться назад. После трудных раздумий он принял решение прекратить исследование северного побережья Новой Голландии, но идти не в Сидней, а на северо-запад, к Тимору.

Было 5 марта 1803 г. В дневнике Флиндерс так объяснил свое решение: «Ветры, дующие в течение последних четырех дней преимущественно с востока, убедили меня, что настало время принять во внимание состояние корабля и необходимость безотлагательного возвращения в Порт-Джексон… Я подсчитал, что, если мы немедленно отправимся в Порт-Джексон, наше возвращение завершится почти в те шесть месяцев, которые были определены Эйкеном и Мэртом, и что мы пройдем вдоль южного побережья и через Бассов пролив, где ожидается наиболее плохая погода, до того как зимние ветры наберут силу. Это даст нам реальный выход из положения, если состояние корабля не окажется хуже, чем мы считаем… Против немедленного возвращения есть следующее возражение: нынешние благоприятные ветры в высшей степени способствуют продолжению изучения этого очень интересного побережья, поскольку мы уже нашли здесь многочисленные гавани и места, удобные для захода судов. Возрастающая скорость течений, улучшающаяся плодородность почв, так же как и увеличивающаяся близость к нашим индийским владениям, — все это говорит в пользу продолжения изучения этого побережья. Я убежден, что оставить такое место, как это, сознавая, что никогда уже сюда не удастся вернуться, может лишь человек, который не одержим страстью открытий… Я способен сбросить бремя обязанностей, но я никогда не мог похвастать, что обладаю хотя бы искрой того священного огня, который воспламенял души Колумба и Кука! Я, конечно, не такой уж Дон-Кихот в открытиях, хотя, с тех пор как прочел «Робинзона Крузо», стал постоянно к этому стремиться. Но есть и другое основание для возвращения — это плохое состояние моего здоровья, так же как и многих других членов экипажа, хромота из-за неизлечимых цинготных язв на обеих ногах, не позволяющая, мне пользоваться шлюпками или подниматься на верхушку мачты, что совершенно необходимо для проведения достаточно тщательных исследований. Нужно ли говорить, что именно эти обстоятельства заставили меня принять решение вернуться в Сидней. И теперь мы отправились в путь при свежем и благоприятном ветре».