Можно было бы использовать корабль «Буффало», принадлежавший колониальным властям, но в то время он совершал плавание в Индию и должен был вернуться в Сидней лишь к январю 1804 г. 16 июня Кинг официально предложил Флиндерсу судно «Морская свинка», также принадлежавшее властям колонии. Это был очень маленький корабль, на который невозможно было погрузить необходимое для длительного плавания количество продовольствия и воды, а также разместить весь оставшийся в живых экипаж «Исследователя». Но Кинг сказал, что после изучения северо-западного побережья Новой Голландии можно будет сделать остановку на Тиморе для пополнения запасов, а потом снова продолжить экспедицию. По мнению Флиндерса, судно совершенно не подходило для исследовательской работы. Три недели Флиндерс не давал ответа. Наконец 6 июля он послал Кингу формальное согласие, но просил проверить состояние «Морской свинки». Обследование показало, что судно требует ремонта, который в условиях колонии займет не менее года.

Вариант с «Морской свинкой» отпал. Начались поиски других возможностей. Кинг предложил Флиндерсу использовать два корабля — «Леди Нельсон» и «Фрэнсис». Эти суда имели те же недостатки, что и «Морская свинка», и Флиндерс отказался от них. Тогда Кинг принял решение отправить Флиндерса и экипаж «Исследователя» в Англию на «Морской свинке», с тем чтобы Флиндерс попросил Адмиралтейство выделить ему новое судно для завершения исследований побережья Новой Голландии.

Флиндерс немедленно согласился с решением губернатора. Он лишь настаивал, чтобы обратный путь в Англию обязательно, прошел через Торресов пролив: ему хотелось еще раз проверить этот наиболее выгодный маршрут из Тихого океана в Индийский. Кингу доводы Флиндерса показались убедительными, и он дал согласие.

Началась подготовка судна к предстоящему длительному плаванию. Командиром «Морской свинки» Кинг назначил лейтенанта Фоулера. Флиндерс на этот раз был пассажирам. Перед отплытием из Сиднея он просмотрел все материалы, собранные во время плавания вокруг Новой Голландии, под руководством ботаника Брауна отобрал лучшие образцы из коллекции флоры. Флиндерс написал несколько писем жене. Теперь они были полны радости от предстоящего свидания.

Письмо же родным было очень грустным. В Сиднее Флиндерс узнал о кончине отца. «Смерть дорогого моего отца, который был таким превосходным человеком, явилась для меня тяжелым ударом и глубоко ранила мое сердце… Я лелеял мысль, что сумею создать для него такие удобства, которые сделают остаток его дней самым счастливым временем всей его жизни… О мой самый дорогой, самый добрый отец, как сильно я любил и почитал тебя, об этом ты теперь уже никогда не сможешь узнать».