Между тем на «Исследователе» началась дизентерия. Через две недели после выхода из Купанга заболели десять человек. Флиндерс поспешил закончить исследования и с максимальной скоростью направился к Сиднею. Делая до 137 миль ежедневно, «Исследователь» 13 мая достиг мыса Луин. 17 мая умер матрос Дуглас Ботсуайн, а 20 мая — квартирмейстер Уильям Хиллер. «Исследователь» в это время проходил бухту Кинг-Джордж. 25 мая в заливе Спенсер умер сержант Джеймс Гринхолф. Число больных дизентерией на судне достигло восемнадцати. Два члена экипажа — квартирмейстер Джон Дрейпер и матрос Томас Смит — умерли, когда «Исследователь» входил в сиднейскую гавань.

8 июня, через два месяца после того, как «Исследователь» вышел с Тимора, он бросил якорь в Сиднее. Позади остался путь в 5000 миль. «Вельбот был спущен, и командир направился к берегу для встречи с его превосходительством губернатором», — было записано в судовом журнале.

Несмотря на то что экспедиция была прервана, она дала очень многое. Был тщательно изучен Торресов пролив; залив Карпентария был так точно картографирован, что карты Флиндерса использовались почти полтора столетия после его плавания; была собрана богатейшая коллекция флоры Новой Голландии; впервые в истории человечества пятый континент был обойден вокруг.

Но все это было достигнуто ценой больших жертв. Почти четверть первоначального экипажа «Исследователя» погибла. По прибытии в Сидней на его борту было двенадцать тяжелобольных, четверо из которых вскоре умерли. Сам Флиндерс страдал и душевно, и физически, что видно из его письма к Аннетт, посланного из Сиднея в июне 1803 г.: «Меня эти превратности плавания и печальное состояние моих бедных людей очень угнетали. Я с трудом передвигался целых четыре месяца, и мое здоровье сильно ухудшилось».

Всякого другого человека столь неблагоприятные обстоятельства заставили бы уступить, сдаться. Однако не таков был Мэтью Флиндерс. Ослабев телом, он был по-прежнему несгибаем, воля его была все так же тверда.

Рассказав губернатору Кингу о бедственном состоянии экипажа и судна, Флиндерс сразу же поставил вопрос о продолжении экспедиции. В течение недели Флиндерс обсуждал с Кингом возможные варианты. Прежде всего провели новое, детальное обследование корабля, показавшее, что больше его использовать нельзя. После этого осмотрели все суда, находившиеся в сиднейской гавани. Из них подходящим оказалось лишь частное торговое судно «Ролла». Хозяин был не прочь продать его, но потребовал 11 550 фунтов и дополнительно денежную компенсацию за уплату неустойки, которую, по всей вероятности, потребует Ост-Индская компания за невыполнение соглашения с нею. Кинг не мог уплатить такой крупной суммы, и от покупки судна пришлось отказаться.