Королева Виктория разделяла нежелание Марии лишний раз оказываться подле нее. В январе 1886 года герцог Эдинбургский получил назначение на Мальту. Это позволило его семье проводить на острове значительную часть времени (за исключением обязательного посещения Лондона в честь Золотого юбилея правления Виктории). Фактически на протяжении нескольких лет Альфред и Мария бывали в Англии лишь наездами, перемещаясь между Кобургом и Мальтой.
Годы разделили их – Марию и Альфреда. От пылкой влюбленности не осталось и следа. Каждый приобрел собственные интересы и отстаивал собственные взгляды на жизнь. Мария упрекала мужа в чрезмерном употреблении алкоголя и в ветрености. Он же считал, что супруга много курит и неверно оценивает перспективы их общих детей. Старшую дочь Эдинбургских хотели выдать замуж за старшего из детей принца Уэльского – в таком случае в будущем они смогли бы стать королем и королевой Англии. Но Мария настояла на другом браке для дочери: Мария-младшая вышла за короля Румынии. Спор вышел и из-за брака дочери Александры – Мария поддерживала кандидатуру принца Гогенлоэ-Лангебургского, в то время как Альфред считал правильным обратить свой взор на кого-то из английской родни.
Только в августе 1893 года история с Кобургом разрешилась: Альфред унаследовал титул герцога Саксен-Кобург-Готского. Мария с удовольствием переселилась в замок Эренбург и считала себя полностью счастливой. Теперь у нее был собственный двор, и она избавилась от английских порядков и английского же присмотра. Из Кобурга Эдинбургские отправились в Петербург, на коронацию Николая II (император Александр III скончался годом ранее).
Но впереди было самое страшное испытание для Марии. 24 января 1899 года, в разгар празднования 25-летия ее замужества, единственный сын Альфред пустил себе пулю в лоб. На тот момент он был уже семь лет болен сифилисом, и не оставалось ни единой надежды на выздоровление или хотя бы облегчение его мук. Спасенный молодой человек (попытка самоубийства не удалась) впал в тяжелую депрессию и скончался 6 февраля. Смерть сына превратила жизнь Марии в ад: муж обвинял ее в смерти Альфреда. Он говорил, что никогда не одобрял методов воспитания супруги, и они дали эти страшные плоды.
Альфред был не в себе. Он тоже мучился от боли – вскоре ему диагностировали рак горла. Отец последовал за сыном, 30 июля 1900 года, в Кобурге. Мария нашла мужа мертвым поутру – он скончался во сне.
Овдовев, Мария потеряла власть над герцогством – наследование происходило по мужской линии, и теперь полновластным хозяином стал племянник ее мужа. Сократившиеся доходы намного превышали расходы, и дочери императора Александра II пришлось продать немало своих чудесных драгоценностей, чтобы остаться на плаву. Она проводила часть времени в замке Фаборн, на юге Франции, и часть – на вилле в Тегернзее. Вскоре к ней присоединилась дочь, Виктория Мелита, чья личная жизнь пошла под откос. Разведясь с супругом, эта молодая женщина впоследствии вступила в брак с кузеном, великим князем Кириллом Владимировичем. Их потомки здравствуют по сию пору.