С. Д. Шереметев считал Афанасия Нагого «самым необходимым лицом в начале задуманного мероприятия», то есть спасения царевича. Не могла остаться чуждой делу и мать, царица Мария Нагая. Без нее и ее согласия нельзя было приступить к делу. Чтобы начать такое сложное и небезопасное дело, ей нужен был человек вполне надежный, и таковым был, прежде всего, старший из Нагих, Афанасий Федорович. Он должен был посвятить себя этому делу и исчезнуть. С. Д. Шереметев считал, что он исчез из Углича 15 мая…

По мнению исследователя, не было в городе и убитого царевича; этот вывод он сделал, проанализировав вклады в крупнейшие монастыри. От царя Федора, известного современникам своим благочестием и искренней любовью к младшему брату, не поступило ни одного заупокойного вклада по царевичу Дмитрию; в то же время, были сделаны крупные вклады на помин души Михаила Битяговского, одного из главных убийц по официальной версии. И еще одна из тех самых «деталей тщательной разработки», подмеченная С. Д. Шереметевым – могила «убиенного царевича» в Угличе была заброшена настолько, что когда понадобилось везти тело в Москву, его едва отыскали. Объяснение этому С. Д. Шереметев видит только в одном – и глава следственной комиссии Василий Шуйский, и Борис Годунов, и царь Федор знали, что убит не царевич, а подставное лицо.

Около десяти работ С. Д. Шереметева посвящено Смутному времени. Все они были ступеньками, по которым он поднимался к заветной цели – написанию подробного исследования о судьбе царевича Дмитрия. Непосредственно об убийстве в Угличе им были написаны работы «По поводу родословия Нагих» (СПб., 1900 г.) и «От Углича к морю Студеному» (СПб., 1900 г.), в неопубликованном варианте – «Море Студеное» (РГАДА. Ф. 1287. Оп. 1. Д. 4466.). Основными трудами историка по этой теме стали «Расстрига» (РГАДА. Ф. 1287. Оп. 1. Д. 4449.) и «Угличское событие» (Там же. Д. 4410–4414.). Эти рукописи хранятся в Российском государственном архиве древних актов.

Новизна исследовательского метода, разработанного С. Д. Шереметевым, состоит в том, что, рассматривая причины и следствия событий Смуты, он уделяет основное внимание не политическим хитросплетениям, не движениям армий и ополчений и не мудрости (или глупости) правительств. Все то, что происходило в Угличе и в Москве, Тушине, Рязани и Нижнем Новгороде было, по мнению графа, следствием имущественных (главным образом – земельных), а также межличностных отношений. «Если же допустить влияние отдельных лиц на события, вопреки известной теории, – писал Шереметев, – то и самые события с их последствиями получат более определенное освещение». (Шереметев С. Д. Заметка по поводу Семибоярщины. СПб., 1906. С. 3.). Например, анализируя тяжбу Дмитрия Гавриловича Битяговского с Иваном Засецким, он отмечает: «Следует обратить внимание на слова Дмитрия Битяговского, что у него с Иваном Засецким „великая недружба“. Мало того, „у родственников моих (то есть – Битяговского) с родственниками его… – недружба“. Это уже не личное дело, а семейное». (Шереметев С. Д. Дело Дмитрия Гавриловича Битяговского. СПб. 1903. С. 15.). Вспомнит об этом обстоятельстве граф, работая с «Собранием государственных грамот и договоров». Он обратит внимание на то место в Угличском деле, где говорится о приезде в Углич Темира Засецкого: «А как приехал во фторник в вечеру в Угличь и Михайло Нагой учал говорити, что ножи собрати да положити на тех погиблых людей… и палицу железную велел взяти у Михаила Битяговского в клети…» Приезд этот, по мнению Сергея Дмитриевича, был в прямой связи с действиями Нагих, «последствиями коих был разгром и гибель Битяговских… В таком случае понятна их наследственная недружба…». (Там же. С. 16.).