В 1942 г. благодаря инициативе Андропова и поддержке Н.А. Михайлова удалось восполнить критический недостаток кадров в карельском партизанском движении за счет значительного пополнения из других регионов страны – Ярославской, Иркутской, Свердловской, Омской областей, Красноярского края, Башкирии, Узбекистана. Карельским партизанам противостоял хорошо подготовленный, экипированный, вооруженный и мотивированный противник – финские отряды преследования, егеря. По инициативе Андропова в ноябре 1942 г. республике был создан комсомольско-молодежный отряд «Комсомолец Карелии», который стал одним из лучших на Карельском фронте. В данном случае проявилась характерная для Андропова как руководителя черта: каждое начатое дело обязательно должно иметь результат.
Последней аналитической информацией, отправленной Ю.В. Андроповым в адрес руководства ЦК ВЛКСМ в августе 1944 г., после освобождения Карелии, являлся отчет «О работе комсомола Карело-Финской ССР в дни Отечественной войны». Отчет Ю.В. Андропова свидетельствует о том, насколько обширна была его деятельность как руководителя молодежной организации союзной республики СССР в годы войны. В этом объемном докладе (35 страниц машинописного текста, которые до сих пор находятся в режиме секретного хранения) нет разделов о подпольной работе и партизанской деятельности на оккупированной территории. Вероятно, для этого были весомые основания – еще не пришло время раскрыть неизвестные страницы деятельности комсомола Карелии и его руководителя: с Финляндией готовилось подписание перемирия, которое было заключено в Москве 19 сентября 1944 г. Война с Финляндией закончилась, но до Победы над гитлеровской Германией и ее союзниками было еще далеко.
Восстановление освобожденных районов начиналось с ликвидации тяжелого наследия войны. По свидетельству председателя правительства КФССР П.С. Прокконена, «надо было начать с разминирования территории республики, так как на каждом шагу лежали мины. ЦК ЛКСМ и лично Ю.В.Андропов возглавили это дело. К этому очень опасному и важному делу были привлечены комсомольцы, молодежь. Через краткосрочные курсы подготовили более тысячи человек, которые разминировали почти всю освобожденную территорию республики» (Прокконен, 2010: 155).
В качестве второго секретаря Петрозаводского горкома партии (1944–1947 гг.) Андропов осваивал науку управления на восстановлении и развитии столицы Карело-Финской ССР. Будучи вторым руководителем в партийной иерархии республики (1947–1951 гг.), отвечал за промышленность и транспорт. Управленческие и экономические знания и опыт в этой сфере пригодились в 1960-е – 1970-е гг. в период работы секретарем ЦК КПСС (1962–1967 гг.), членом ЦК (с 1961 г.) и политбюро ЦК партии (с 1973 г.).