Буквально сразу после рождения цесаревича, когда была перерезана пуповина, доктор заметил, что порез кровоточит немного больше, чем обычно это бывает. Два дня кровотечение не прекращалось, но потом врачам удалось его остановить, и в то время случившееся не вызвало большой тревоги. Однако беспокойство у Августейших родителей осталось. 1 августа император писал по просьбе императрице великой княгине Милице Николаевне, на тот момент близкой подруге Государыни, о волнении по поводу состояния здоровья цесаревича: «Слава Богу, день прошел спокойно. После смены повязки с 12 часов дня до 9:30 того вечера не было ни капли крови. Врачи надеются, что так и будет дальше. Коровин останется здесь на ночь. Федоров едет в город и возвращается завтра… Маленькое сокровище удивительно спокоен, и, когда меняют повязку, он или спит, или лежит и улыбается. Его родителям сейчас немного легче на душе. Федоров говорит, что примерный объем кровопотери в течение 48 часов был от 1/8 до 1/9 от общего объема крови».

Камер-фрау Мария Федоровна Герингер вспоминала, что вскоре после рождения цесаревича, когда его однажды туго перепеленали, на пеленке остались пятна крови. Александра Федоровна сказала фрейлине: «Если б вы только знали, как горячо я молила Бога, чтобы он защитил моего сына от нашего наследственного проклятия». Многие потомки Английской королевы Виктории, бабушки Александры Федоровны, страдали от гемофилии. Болел ею дядя Александры Федоровны, младший сын королевы Виктории принц Леопольд. Родной брат российской императрицы – принц Фридрих – умер в раннем возрасте от гемофилии. Старшая сестра Александры Федоровны – Ирена вышла замуж за принца Генриха Прусского. Она родила трех сыновей – Сигизмунд гемофилией не болел; старший – Вольдемар – умер от гемофилии в возрасте 56 лет, младший – Генрих – в возрасте 4 лет, всего за пять месяцев до рождения цесаревича Алексея Николаевича. Ген гемофилии от королевы Виктории перешел к ее детям, внукам и правнукам, исследователи насчитывают девять больных гемофилией потомков-мужчин королевы.

Какое-то время у Царской семьи оставалась надежда, что их новорожденный сын здоров. Однако 8 сентября, когда Алексею Николаевичу было шесть недель от роду, неожиданно у него началось серьезное пупочное кровотечение. К этому времени сомнений у докторов практически не осталось – цесаревич болен гемофилией. Узнав о кровотечении у сына, императрица потеряла сознание. Удар для Государыни оказался тяжелейшим: ее любимый, долгожданный сын оказался болен страшной, неизлечимой болезнью, в которой «виновата» была она, его мать, передавшая ему ген ужасной болезни. С этого момента все мысли и поступки Александры Федоровны были связаны с заботой о здоровье сына. Спасение цесаревича всеми возможными средствами и способами – это стало смыслом ее жизни. Наследственная болезнь цесаревича сразу стала государственной тайной, в которую не посвящали даже близких Царской семье людей. За состоянием здоровья цесаревича следил целый штаб докторов: лейб-медик Е.С. Боткин, почетный лейб-медик С.А. Острогорский, почетный лейб-хирург В.Н. Деревенко, почетный лейб-хирург С.П. Федоров. При необходимости к этим докторам присоединялись любые известные врачи, которых немедленно вызывали в Царское Село.