После приступа в Спале Алексей Николаевич восстанавливался долго, несколько месяцев не мог ходить, большую часть времени проводил в постели. На прогулки его выносили на руках. Пьер Жильяр писал, что в это время у цесаревича произошло: «Омертвение нервов левой ноги, которая отчасти утратила свою чувствительность и оставалась согнутой – ребенок не мог ее вытянуть. Потребовалось лечение массажем и применение ортопедического аппарата, который постепенно вернул ногу в нормальное состояние». В течение года Алексей Николаевич болел и вновь смог полноценно вернуться к занятиям с учителями только летом 1913 года. Но долгое время мог ходить только опираясь на палочку.

В конце 1913 года Царская семья долгое время находилась в Крыму, в основном из-за болезни цесаревича, которого усиленно лечили, в том числе и грязями, и смогла вернуться в Царское Село только к концу декабря.

И в начале 1914 года Алексей Николаевич почувствовал себя настолько хорошо, что смог вновь приступить к занятиям в полном объеме. Полтора года постоянных процедур и курсы лечений наконец-то помогли избавиться от последствий тяжелого приступа гемофилии в Спале. Пьер Жильяр так описывал цесаревича в начале 1914 года: «Алексею Николаевичу было тогда девять с половиной лет. Он был довольно крупен для своего возраста, имел тонкий, продолговатый овал лица с нежными чертами, чудные светло-каштановые волосы с бронзовыми переливами, большие сине-серые глаза, напоминавшие глаза его матери». О личности наследника престола учитель писал: «У него была большая живость ума и суждения и много вдумчивости. Он поражал иногда вопросами выше своего возраста, которые свидетельствовали о деликатной и чуткой душе. Я легко понимал, что те, которые не должны были, как я, внушать ему дисциплину, могли без задней мысли легко поддаваться его обаянию. В маленьком капризном существе, каким он казался вначале, я открыл ребенка с сердцем, от природы любящим и чувствительным к страданиям, потому что сам он уже много страдал».

Занятия Алексея Николаевича с учителями к этому времени были восстановлены не только полностью, как до болезни, но количество предметов и уроков увеличили. Однако между наставником цесаревича Жильяром и его главным лечащим врачом В.Н. Деревенко назревал конфликт. Наставник считал, что постоянная чрезмерная опека нянек и дядек – боцмана Деревенько и матроса Нагорного, мешала нормальному развитию мальчика. Заботливые дядьки, старавшиеся защитить ребенка от малейшей опасности, лишали его самостоятельности. Жильяр предполагал, что желание врачей полностью с помощью нянек контролировать поведение цесаревича чрезвычайно вредно для его развития и есть опасность того, что он может вырасти человеком безвольным и зависимым. Однако доктора, боявшиеся новых травм и приступов, категорически настаивали на постоянном строгом контроле поведения Алексея Николаевича.