Солдатский комитет не верил в болезнь цесаревича, революционные стрелки считали, что он претворяется, чтобы семья могла получить какие-то послабления в режиме содержания. Поэтому обыски стали проводить даже чаще. У докторов Е.С. Боткина и В.Н. Деревенко лекарства были на исходе, а новых взять было негде – в революционном Тобольске аптеки закрылись. Лечить больного цесаревича оказалось нечем.

В тот же день, 15 (2) апреля, из Москвы прибыл большевицкий комиссар В.В. Яковлев и вскоре выяснилось, что у него есть приказ увезти Государя, однако он не сообщил куда именно. Алексея Николаевича оставляли на попечении старших цесаревен, доктора Деревенко, учителей и фрейлин. Для цесаревича отъезд родителей стал большим ударом. Особенно тяжело ему было остаться во время болезни без матери. Она всегда в самые сложные моменты приступов оставалась рядом с ним, ее нежность, казалось, не хуже лекарств успокаивала цесаревичу боль. Впервые в сложнейшей ситуации, когда сама жизнь Алексея Николаевича висела на волоске, он оставался без родителей. И это стало для него трагедией. Пьер Жильяр писал, что во время отъезда родителей цесаревич горько плакал в своей кровати. Только через неделю Алексей Николаевич наконец-то почувствовал себя немного лучше. Вскоре он, к радости сестер и свиты, смог сидеть. Матрос Нагорный перенес его из постели на кресло-каталку и стал вывозить его во двор, чтобы больной смог подышать свежим воздухом. После Пасхи – 5 мая (22 апреля) – наконец стало известно, где находится императорская чета, полковник Кобылинский получил телеграмму из Екатеринбурга, цесаревны с цесаревичем сразу начали просить отвезти их к родителям. Однако цесаревич по-прежнему чувствовал себя плохо, доктора решили, что ему пускаться в дорогу в таком состоянии не стоит. В результате остававшихся в Тобольске царских детей, свиту и слуг отправили в Екатеринбург только 20 (7) мая.

В порту арестованных посадили на тот же пароход «Русь», который девять месяцев назад привез их в Тобольск. На пристани собралась большая толпа народа. Остались воспоминания, что когда матрос Нагорный с цесаревичем на руках приблизился к пароходу, многие из стоявших на пристани людей опустились на колени. Мужчины сняли шапки. Женщины запричитали, заплакали. Раздались голоса: «На кого ты нас покидаешь?!» И цесаревич перекрестил провожавших его людей.

На судне Алексея Николаевича вместе с дядькой Нагорным закрыли в каюте, запретив даже выходить в уборную. Часовой без разговоров сунул в руки дядьке ведро. Вечером разрешили посетить больного ребенка только доктору Деревенко. На палубе пели и плясали пьяные красноармейцы. Их голоса достигали кают, в которых закрыли арестованных. Именно в этот момент Алексей Николаевич вдруг сказал: «Я знаю, они убьют нас. Только бы не очень мучили». 23 (10) мая матрос Нагорный на руках внес Алексея Николаевича в дом Ипатьева в Екатеринбурге, вместе с ними вошли три цесаревны и несколько слуг. Встреча четырех царских детей с родителями и сестрой стала по-настоящему радостной, семья воссоединилась, они были счастливы. В дневнике в этот день Государь написал: «Утром нам в течение одного часа последовательно объявляли, что дети в нескольких часах от города, затем, что они приехали на станцию, и, наконец, что они прибыли к дому, хотя их поезд стоял здесь с 2 час. ночи! Огромная радость была увидеть их снова и обнять после четырехнедельной разлуки и неопределенности.