Возникшее в годы войны отчасти идеалистическое представление о советском образе жизни и о положении Церкви под властью большевиков теперь рассеивается. Он узнает о могуществе власти и всеохватном контроле НКВД. Митрополит Питирим (Нечаев) вспоминал, что, когда в перерыве заседаний Собора 1945 года он подошел к митрополиту Вениамину и передал ему поклон от сестры, тот испуганно воскликнул: «Какая сестра? Нет у меня никакой сестры!». «Владыка, не бойтесь», – успокоил его девятнадцатилетний Константин Нечаев и подвел Надежду Афанасьевну, бывшею женою священника Федора Шебалина (118, с. 178). Больше четверти века брат и сестра не виделись и даже не переписывались. Страх довлел в советской жизни и тем более в жизни церковной.
Но в то же самое время митрополит Вениамин поражается тому, что в храмах на богослужении много детей, вновь радуется силе веры людей, он утверждается в убеждении, что лишь Православие «еще сохранило дух истинного христианства», в то время как католицизм и протестантство «износились», «упали в материализм». Задумываясь над вопросом о влиянии России на будущий мир, владыка в дневнике честно признается: «В моей душе нет ясного ответа».
В то же время митрополит Вениамин всегда верил в конечную победу добра, никогда не утрачивал радостно-смиренной веры в благой Промысел Божий: «Нужно твердо верить в эту святую истину о Промысле! Всем управляет Господь наш Иисус Христос… И как это прекрасно, утешительно и ободрительно… Везде, всегда, до конца мира. Сам ведет – поддерживает, наставляет, направляет, помогает, укрепляет, охраняет, спасает. Как люди мало веруют в это конкретно! А ведь так есть, ибо Он Сам сказал: “Я – с вами”. Христос – глава Церкви, а она – Его тело… Истина ясна» (177, с. 334).
В стране господствовала атеистическая идеология, с которой мирилось большинство людей, однако и среди верующих не было единства. Сохранялись остатки обновленчества, упорствовала так называемая катакомбная Церковь, не исчезали группы людей, ожидающих близкого конца мира и отвергающих Церковь. Об этих последних владыка отзывался резко: «Это – сектантское, противоцерковное настроение: эти люди воображают себя избранниками Божиими… запугивают покорных слушателей бедствиями и своими “откровениями”… Необходимо бороться с этой язвой духовной» (33, с. 56–57).
Сложным оставалось и положение самой Церкви, лишенной возможности разрешения многих накопившихся проблем и вопросов, в частности о богословском просвещении верующих, зачастую лишь отстаивающих часы в храме. Размышляя о главном богослужении – литургии, владыка сокрушался: