В обстановке церковной смуты, не обращая внимания на угрозы «обновленцев», священники Валентин Войно-Ясенецкий и Михаил Андреев в мае 1923 года созывают съезд духовенства и мирян, оставшихся верными Патриарху Тихону. И на этом съезде неожиданно отец Валентин был избран на ташкентскую кафедру. В иной стране в иное время повторилась ситуация, случившаяся в 374 году в Медиолане (современный Милан): в разгар ожесточенной борьбы православных с ересью арианства на Медиоланскую кафедру был избран высокообразованный интеллигент и блестящий оратор Амвросий, ставший одним из великих западных отцов Церкви.

Сосланный в Ташкент епископ Андрей (князь Ухтомский) одобрил это избрание и тайно постриг Валентина Феликсовича в монахи с именем Лука в память апостола и евангелиста Луки, бывшего врачом и иконописцем. Тайно же состоялась епископская хиротония (подробно описанная святителем Лукой в воспоминаниях). Она пришлась на 18/31 мая, когда Церковь отмечает память девятнадцати святых мучеников первых веков христианства. Будущий путь был ясен, но владыка Лука его не устрашился.

Он успел отслужить только две архиерейские литургии. 28 мая /10 июня его арестовали. «Я простился с детьми и с Софьей Сергеевной и в первый раз вошел в “черный ворон”… Так положено было начало одиннадцати годам моих тюрем и ссылок», – эпически спокойно вспоминал позднее святитель Лука.

В тюрьме арестованному епископу позволили писать, и он сумел закончить свой труд «Очерки гнойной хирургии». В августе епископа

Луку отправили в Москву, где ОГПУ освободило его. То было время временного отступления большевистской власти от жесткой линии в борьбе с верой, слишком сильным оказалось сопротивление православных верующих, слишком резким осуждение гонений на Церковь со стороны западных стран, в сотрудничестве с которыми нуждалась Советская власть. Владыка Лука несколько раз встречается с освобожденным Патриархом Тихоном, служит с ним литургию. Патриарх не только одобрил епископскую хиротонию профессора, но, будучи сам высокообразованным человеком, благословил епископа Туркестанского и Ташкентского заниматься и далее хирургией.

Смягчение политики власти в борьбе с Церковью вовсе не означало прекращения этой борьбы. Уже осенью 1923 года святитель Лука был арестован, а в начале зимы отправлен в первую ссылку. Тюмень, Омск, Новосибирск, Красноярск, Енисейск, деревня Хая на реке Чуне, Туруханск, селение Плахино за Полярным кругом – таковы этапы первой ссылки епископа-профессора. Его везли то в «столыпинском» вагоне вместе с уголовниками, то в санях в 40-градусный мороз, то гнали пешком. Он обнаружил у себя миокардит; еда была скудная, вещи нередко крали, условия жизни в северном поселении оказались первобытно убоги… Но святитель не изменил своему призванию, ведь испытания ломают слабых, а сильных лишь закаляют. Везде, где возможно, он служил литургию; везде, где требовалось, он лечил людей, подчас совершая трудные операции.