В Ташкенте еще в январе 1921 года был созван епархиальный съезд для «суда» над архиепископом Туркестанским и Ташкентским Иннокентием (Пустынским). Доктор Войно-Ясенецкий был приглашен в качестве гостя, но не удержался и выступил с большой и взволнованной речью. Глубокая вера, твердость характера, самостоятельность суждений и присущий ему дар живого слова позволили склонить участников съезда в защиту правящего архиерея. По окончании заседания владыка Иннокентий отвел его в сторону и сказал: «Доктор, вам надо быть священником!». «У меня и мысли не было о священстве, – писал позднее Войно-Ясенецкий, – но слова преосвященного Иннокентия я принял как Божий призыв архиерейскими устами, и, минуты не размышляя, сказал: “Хорошо, владыко! Буду священником, если это угодно Богу!”»
В конце января 1921 года состоялось посвящение доктора во диакона, 2 февраля, в праздник Сретения Господня прошла священническая хиротония. Иерей Валентин был назначен четвертым священником в ташкентский собор, ему было поручено произнесение проповедей. Это необыкновенное событие стало сенсацией в городе и в университете, преподаватели и несколько студентов медицинского факультета пришли к профессору-священнику для выражения недоумения. Священник устоял и перед моральным давлением своего окружения. Теперь он не только делал операции в больнице, читал лекции студентам и писал книгу «Очерки гнойной хирургии». Профессор медицины в рясе проповедовал на воскресных службах, выступал на публичных диспутах против отрекшегося от Бога протоиерея Ломакина, на которых к радости слушателей неизменно одерживал вверх.
Спустя два года, в самый разгар богоборческой войны, когда Политбюро ЦК РКП(б) планировало дату судебного процесса над Патриархом Тихоном с расстрельным приговором, когда сотни священнослужителей арестовывались и ссылались, раскол проявился и в Ташкенте. Несколько видных священников примкнули к «обновленцам», многие священники скрылись, нареченный во епископа архимандрит Виссарион был арестован. Напуганный архиепископ Иннокентий тайно, ночью уехал в Москву, надеясь пробраться в Валаамский монастырь. Этот архипастырь из семьи вологодских священнослужителей, закончивший Киевскую Духовную Академию, удостоенный ученой степени магистра богословия, на двадцатом году своего епископского служения презрел завет Иисуса Христа: