По всей стране поднялась кампания пропагандистской агрессии против Церкви под лозунгами «разоблачения реакционной сущности и вреда религии» и «наступления на религиозные пережитки». В селах и городах местные власти стали закрывать церкви, уничтожать святые источники, привлекать духовенство и верующих к административным наказаниям, комсомольцы хулиганили и сквернословили в храмах. Кампания набрала такой оборот, что власть поспешила ее приостановить. Уж очень провозглашенная война против Церкви контрастировала с декларированными Хрущевым принципами «мирного сосуществования» и «борьбы за мир» во внешней политике, а также курсом «оттепели», отказа от жестокостей сталинского режима во внутренней политике.
Уже в ноябре 1954 года появляется новое постановление ЦК КПСС «Об ошибках в проведении научно-атеистической пропаганды среди населения». Там указывалось на «грубые ошибки на местах», приведшие к «оскорблению чувств верующих», но всем было понятно, что, изменив характер своей антирелигиозной политики, власть не намерена отказываться от самой государственной политики атеизма. При сохранении в неизменности объема внешних связей РПЦ и даже ее активизации в рамках Советского комитета защиты мира деятельность Церкви внутри страны была еще больше стеснена.
Да, возвращались из мест заключения священнослужители и миряне, продолжалось богослужение в церквах, в 1957 году возобновилось богослужение в Троицком соборе Александро-Невской Лавры, к 80-летию Святейшего Патриарха Алексия в газетах была опубликована поздравительная телеграмма главы правительства СССР, но то была короткая передышка перед началом нового «штурма небес».
В октябре 1958 года Совет министров СССР, главой которого ранее стал Хрущев, принял два постановления: «О монастырях в СССР» и «О налоговом обложении доходов предприятий епархиальных управлений, а также доходов монастырей». За ними в 1960 году последовало принятие постановления ЦК КПСС «О мерах по ликвидации нарушений духовенством советского законодательства о культах». С 1959 года начал выходить массовым тиражом антирелигиозный журнал «Наука и религия».
Советская власть вновь перешла в наступление на Церковь, но действовала уже не так грубо и нахраписто, как в 1954 году, а хитрее. Исходя из иллюзорной задачи «построения коммунистического общества к 1980 году», было решено, наряду с усилением атеистической пропаганды, ослабить Церковь экономическими и правовыми мерами. Патриарху Алексию было предложено сократить число действующих монастырей и скитов, прекратить финансовую поддержку «слабых» приходов и монастырей, запретить священникам критику атеистов в проповедях. Решениями власти предусматривалось уменьшение земельных участков монастырей и запрещение использования на них наемного и добровольного труда немонашествующих, повышение ставок налога с земельных участков; одновременно резко увеличивалась отпускная цена на свечи, а церквам было запрещено делать наценки для получения дохода. Десятки приходов и монастырей оказались не в состоянии уплачивать налоги, что порождало угрозу местных властей об их закрытии. Закрытие церквей приняло массовый характер по всей стране, были закрыты десятки монашеских обителей и пять духовных семинарий, увольнялись на покой неугодные властям архиереи, несколько сот священников было арестовано, епархиями стали фактически управлять уполномоченные Совета по делам религий (см. 198, с. 383–393).