И в этом видится еще одна трагическая сторона деятельности Патриарха Алексия I. В 1920-е годы он пережил аресты, ссылку, вынужденный компромисс с властью (он отменил в 1923 году отлучения от Церкви лидеров обновленческого движения отца Александра Введенского и отца Владимира Красницкого, что усилило их позиции в борьбе за раскол Русской Церкви), страх за судьбу близких и духовенства. В 1940-1950-е годы искренние надежды на церковное возрождение сменились осознанием усиления зависимости Церкви от государства. Искренний почитатель митрополита Филарета (Дроздова), Патриарх Алексий не мог не сознавать, что гнет «советских обер-прокуроров» покруче, чем царских обер-прокуроров Нечаева и Протасова. Но, по воспоминаниям митрополита Питирима (Нечаева), он «был очень спокоен внутренне, несмотря на все сложности…» (118, с. 279).

В те же годы Патриарх принимал твердые меры прещения в отношении изменников веры, агентов власти внутри Церкви. В декабре 1959 года Священный Синод изверг из сана около 200 священнослужителей, отступивших от Православия, а мирян отлучил от Церкви (198, с. 688). В их числе были профессор Ленинградской духовной академии протоиерей Александр Осипов, преподаватель Саратовской семинарии священник Евграф Дулуман и менее известные, выступившие в советской печати с резкими антицерковными заявлениями и ставшие лекторами «по вопросам религии».

Ответом на этот удар по Церкви стало стихотворение анонимного автора «Новый Иуда», распространявшееся в рукописном виде среди учащихся семинарий:

Стоит заметить, что в 1950-е годы отступление от веры происходило уже не перед прямой угрозой смерти или тюремного заключения, а под моральным и административным давлением власти, которое в немалой мере поддерживало тогдашнее советское общество. В этот период внешних гонений верующие люди оставались меньшинством, причем меньшинством угнетаемым. Немало примеров этому приведено в книге воспоминаний Н. Н. Соколовой: в школе ее дети скрывали, что их отец священник; саму Н. Н. Соколову не могли избрать председателем родительского комитета школы как жену священника; в музыкальном училище учащихся не допускали к сдаче экзаменов без выяснения их отношения к вере и т. д. (161, с. 254, 262, 328).

К тому времени в советском обществе произошли серьезные перемены. В послевоенное время в СССР размылось былое единство людей на основе идеи патриотизма. Тотальная пропаганда мощнейшего идеологического аппарата приносила свои плоды: в духовной жизни людей все большую силу обретали пропагандируемые партией идеи материализма, а также цели материального преуспеяния. Это можно было понять: люди устали от постоянного напряжения, материальной скудости и лишений. Постепенно уходило поколение, еще помнившее традиции церковной жизни, и в немалой части советского общества вырабатывалось просто равнодушное отношение к Церкви, укоренялась духовная леность.