Трудно переоценить значение деятельности Святейшего Патриарха Алексия в те тяжелейшие для Церкви годы. Твердо и мужественно маститый старец пытался сопротивляться. Он настойчиво обращался в Совет по делам Православной Церкви, передавал туда коллективные обращения верующих с мест, направил личное письмо на имя Хрущева и просил о встрече с ним, но все было напрасно. В этом был тяжкий крест Патриарха Алексия, о котором он сам говорил при вхождении на патриарший престол: не только не сметь ничего делать без позволения Совета по делам РПЦ, но и молчать, не сметь сказать даже слово об очевидном пленении Церкви. Быть может, это было тяжелее, чем открытое гонение, тюрьма и лагерь.
Единственный раз он нарушил молчание. В феврале 1960 года на заседании Конференции за разоружение Патриарх произнес речь, в которой сильно и смело сказал о роли Церкви. Напомнив о значении Русской Церкви в истории Российского государства, о ее вкладе в утверждение в народе нравственных основ семейной и гражданской жизни, в развитие просвещения и культуры, в укрепление государственности, Патриарх сказал: «Моими устами говорит с вами Русская Православная Церковь, объединяющая миллионы православных христиан – граждан нашего государства… Это та самая Церковь, которая создала замечательные памятники, обогатившие русскую культуру и доныне являющиеся национальной гордостью нашего народа… Это она, наша Церковь, укрепляла тогда дух народа верой… Это она служила опорой русскому государству… И она же оставалась вместе с народом во время последней мировой войны, всеми мерами способствуя нашей победе и достижению мира. Словом, это та самая Русская Православная Церковь, которая на протяжении веков служила прежде всего нравственному становлению нашего народа, а в прошлом – и его государственному устройству… Правда, несмотря на все это, Церковь
Христова, полагающая своей целью благо людей, от людей же испытывает нападки и порицания, тем не менее выполняет свой долг, призывая людей к миру и любви… ибо что могут значить все усилия человеческого разума против христианства, если двухтысячелетняя история его говорит сама за себя, если все враждебные против него выпады предвидел Сам Христос, сказав, что и
Власть, и прежде всего лично Хрущев, восприняла речь Патриарха как прямой выпад против нее. В качестве карательной меры был отправлен на пенсию глава Совета по делам Русской Православной Церкви Г. Г. Карпов, занимавший, по мнению цековских идеологов, слишком «примиренческую позицию» в отношении РПЦ; он, например, рекомендовал в 1957 году «обеспечить стойкие нормальные отношения между государством и церковью…», а в марте 1959 года в письме секретарю ЦК КПСС Е. А. Фурцевой прямо осуждал «грубое администрирование по отношению к церкви», «извращения в научно-атеистической пропаганде» и «взрывы церковных зданий» (цит. по: 206, с. 358; 6, с. 111).