В тех же целях советская пропаганда использовала бурное развитие науки и техники, усилившее рационалистический подход к жизни. Очевидные достижения в изучении природы, освоении космоса и атомной энергии подавались в средствах массовой информации как безусловная победа научного коммунизма над «церковным мракобесием». Это находило отзвук особенно среди молодежи, лишенной возможности узнать иную точку зрения, вовсе не знакомой с иным, некоммунистическим мировоззрением. Стоит ли говорить, что написанная с православных позиций научная работа архиепископа Луки (Войно-Ясенецкого) апологетического характера «Дух, душа, тело» не могла в то время стать известной широким слоям населения, в то время как курс «Основы научного атеизма» стал обязательным в учебных планах всех высших учебных заведений.

Внутри церкви вызревало течение, желающее открыто противостоять новой волне государственного атеизма. Патриарх Алексий I, лишенный свободы слова, 9 июня 1961 года прямо говорил на заседании государственного Совета по делам РПЦ, что «на него плохо смотрят верующие и духовенство, считают, что Патриарх потерял своим бездействием авторитет в глазах верующих и духовенства и не пользуется уважением в глазах советских властей, правительства, которое не хочет его принять» (цит. по: 206, с. 269).

Между тем в недрах режима вызревало намерение вернуться к более жесткой линии в отношении Церкви. После вооруженного подавления народного возмущения в Новочеркасске, 19 июля 1962 года Президиум ЦК КПСС принял секретное постановление об усилении борьбы с инакомыслием в стране. К постановлению был приложен проект приказа председателя КГБ А. Н. Шелепина, содержащий пункты с воинствующе антицерковным содержанием: «Решительно повысить уровень агентурно-оперативной работы по пресечению враждебных проявлений со стороны церковников и сектантов, обратив особое внимание на быстрейшую парализацию деятельности нелегальных групп и общин. В отношении руководителей и организаторов церковных и сектантских формирований осуществлять активные чекистские мероприятия, которые позволили бы в ближайшее время полностью разоблачить проводимую ими антисоветскую работу, а злостных из них в соответствии с законом привлечь к уголовной ответственности» (цит. по: 119, с. 244).

Возврата к открытым репрессиям не произошло в силу прагматичности «революционного романтика». Хрущев оказался крайне заинтересованным в развитии связей с Италией и установлении дипломатических отношений с Ватиканом. Среди орудий для достижения этих целей он увидел Русскую Церковь, и это привело в конечном счете наших наблюдателей на Второй Ватиканский Собор в октябре 1962 года. В который раз властью был отброшен тезис об отделении Церкви от государства. В данном случае, отмечает О.Ю. Васильева, «в свою тайную дипломатию государство ввергло и Русскую Православную Церковь, навязав ей присутствие на Католическом Соборе, не считаясь ни с догматическими расхождениями между Православием и Католицизмом, ни с прозелитическими притязаниями Ватикана и ответными действиями православного мира» (27, с. 123).