Впрочем, это не повлияло на богоборческий характер власти. В июне 1963 года на пленуме ЦК КПСС секретарь ЦК по идеологии Л. Ф. Ильичев, в частности, заявил: «Религия – главный противник научного мировоззрения внутри страны, один из самых цепких пережитков прошлого, от которого не освободились еще значительные слои населения» (цит. по: 27, с. 272). Свобода совести в 1960-1970-е годы оставалась экспортным продуктом в СССР.

Русская Церковь смогла выстоять в годы хрущевского произвола, но, безусловно, сильно ослабела в кадровом составе и во влиянии на общество. Уровень подготовки духовенства понизился, достижения отечественной церковной науки были забыты, приходская жизнь была сведена к более или менее регулярным богослужениям, миссионерская, просветительская и благотворительная деятельность священников и верующих была запрещена. Силой государства Русская Церковь оказалась вытеснена на «обочину» общественной жизни, усилиями власти ее пытались превратить в полумаргинальное явление. Одним из следствий этого в духовной жизни стало расширение явления сектантства и различных мистических увлечений.

В то же время Церковь оставалась живым организмом, в силу своей природы не способным к окаменению.

В начале 1960-х годов возникает церковное диссидентство. Это уже не сторонники «катакомбной Церкви», возникшей в 1920-е из-за нежелания пойти на признание Советской власти, а вчерашние комсомольцы, вдруг открывшие для себя свет Евангельского слова. Это привело, например, к возникновению в 1964 году в среде студентов и преподавателей Ленинградского университета Всероссийского социал-христианского союза освобождения народа (И. Огурцов и Е. Ванин), просуществовавшего три года; к открытой миссии молодых священников Дмитрия Дудко (1924–2004) и Александра Меня (1935–1990), проводивших пастырские беседы, пользовавшиеся особой популярностью у молодежи и интеллигенции, но подвергавшихся репрессиям властей. Стоит заметить, что такие разные люди, как протоиерей Всеволод Шпиллер и протоиерей Александр Шмеман, разделяли «более чем критическое отношение» к деятельности этих священников. Так, отец Всеволод находил отца А. Меня «умным, интересным и давным-давно сделал бы его протопресвитером, но только еврейской автокефальной церкви в Тель-Авиве» (213, с. 511, 517).

Молчание церковной власти порождало подчас открытые протесты и вызвало к жизни движение религиозных диссидентов. Так, в ноябре 1965 года был отправлен на покой архиепископ Калужский Ермоген (Голубев, 1896–1978) после осуждения им закрытия Советской властью церквей и вмешательства государства в дела Церкви, изложенного в 1961 году в письме на имя Н. С. Хрущева, а в 1965 году – в заявлении на имя Патриарха, поддержанном девятью архиереями, с требованием отказа от реформы приходского управления. По рукам в «самиздате» ходила книга священника Сергия Желудкова «Почему и я – христианин?», статьи А. Левитина-Краснова, листовки религиозного содержания. Власти выслеживали и преследовали подпольные группы, занимавшиеся изданием религиозной литературы, молитвенников и церковных календарей. В конце 1965 года два московских священника Николай Эшлиман и Глеб Якунин направили в адрес Патриарха и светских властей письма с протестом против преследования Церкви.