На практике работа по эвакуации оказалась необычайно сложной, и по причине неточного учета запасных и из-за многочисленных побегов солдат из армии выполнение намеченного плана в организованном порядке оказалось невозможным.

Во второй половине ноября 1905 года на Сибирской, Забайкальской и Китайско-Восточной железных дорогах началась новая «почтово-телеграфная» забастовка, из-за которой штаб главнокомандующего Линевича оказался отрезанным от связи с Санкт-Петербургом и Иркутском. Не зная, продвигаются ли по Сибирской железной дороге отправленные поезда с запасными, Линевич торопил отправку эшелонов из Харбина, откуда в ноябре-декабре 1905 года выходило по 7–8 воинских поездов, в то время как Сибирская дорога пропускала не более 4 поездов в сутки. Это спровоцировало эффект закупорки железных дорог на узловых станциях в Чите и Иркутске и неминуемо привело к полному беспорядку в движении и буйстве демобилизованных военнослужащих, поддержанному распропагандированными железнодорожниками.

Командарм Куропаткин все это время не бездействует.

Организует разведку в районах Маньчжурии, занятых японцами. Контролирует отправку воинских эшелонов, до мелочей вникает в существо проблем перевозок, дает указания службе военных сообщений тыла. Объезжает расположения соединений и частей своей армии, преодолевая иной раз до 50 километров в сутки. Проверяет бараки для нижних чинов, офицерские квартиры, полевые и этапные госпитали. Живо интересуется состоянием мундирной одежды и качеством пищи. Проводит беседы с личным составом, стремясь понять настроение военнослужащих, благодарит за службу, кого-то награждает и всем желает счастливой дороги домой.

С горечью констатирует изменение морального духа солдат:

«Нижние чины, почти два года расшатываемые прокламациями, газетами, письмами из дому, уже не те, что были два года назад… Дисциплина пошатнулась…»

«Нижние чины, почти два года расшатываемые прокламациями, газетами, письмами из дому, уже не те, что были два года назад… Дисциплина пошатнулась…»

Жестко карает малейшие проявления смуты в войсках, наиболее виновных приказывает арестовать и передать следователю, а затем полковому суду.

Пристально следит за развитием внутриполитической ситуации в стране. Находит время для переписки с псковским губернатором, направляет тому 10 тысяч рублей из личного жалованья на обустройство Натовской школы.

Ежедневно при помощи специально подобранных офицеров штаба армии Гаврилицы, Болховитинова и Илинского занимается подготовкой подробнейшего отчета о своих действиях на посту командарма и главнокомандующего, самым подробным образом разбирает и описывает Ляоянское и особенно провальное Мукденское сражение.