Через три с лишним месяца всё пошло прахом. Приказом по Министерству народного просвещения от 27 апреля 1917 года Голубова, совсем недавно отметившего 25 лет своей научной и преподавательской деятельности, отрешили от занимаемой должности и перечислили в категорию сверхштатных преподавателей как лицо, не избиравшееся коллегами, а назначенное покойным министром Кассо. Более того, его не просто разжаловали, понизили в звании до сверхштатного ординарного профессора – его отправили в запас на кафедру частной патологии и терапии.[583] Директором факультетской терапевтической клиники медицинский факультет выбрал Плетнёва.

Ещё в 1913 году бездетные супруги Голубовы составили духовные завещания, отказав Московскому университету почти всё своё достояние. Голубов желал только, чтобы после его смерти в Ялте открыли филиал обсерватории Московского университета, а сотрудников оного заведения поселили в принадлежавшем ему доме. Его жена оставляла университету процентные бумаги стоимостью свыше 100 тысяч рублей с условием, чтобы из этого капитала выдавали ежегодные стипендии имени её мужа студентам русского происхождения и православного вероисповедания, а также периодические премии имени её мужа врачам русского происхождения и православного вероисповедания за лучшие сочинения по внутренним болезням. Буквально через две недели после октябрьского переворота, совершенно не понимая сути происходившего, Голубовы уточнили прежние распоряжения, отписав Московскому университету всю свою собственность.[584]

Вскоре недвижимое имущество Голубовых перешло в руки государства, а движимое супруги постепенно распродали в последующие годы, дабы не умереть от голода. во второй половине 1918 года чета Голубовых перебралась в Ялту. Как два немолодых человека, перешагнувших 60-летний рубеж, преодолели сотни километров по охваченной небывалой смутой стране и всё-таки добрались до вожделенного Крыма, как удалось им не погибнуть во время гражданской междоусобицы, красного террора и повального голода 1921–1922 годов – какие-либо сведения об этом в официальные биографии Голубова не просочились, а написать мемуары он, по всей видимости, не рискнул.

Впрочем, однажды, в начале 1930-х годов, он дал интервью, в котором сообщил, что 21 ноября 1926 года, в день его 70-летия, ялтинское начальство «пожизненно закрепило» за ним прекрасную квартиру в его бывшем доме. Помимо того, он признался, что «религиозный скептицизм» снизошёл на него как прозрение ещё в шестом классе гимназии, а теперь он обдумывает серьёзный труд под названием «Религия атеизма».[585] В частной переписке он благодарил советскую власть и за отличную квартиру с добротной мебелью, и за назначенную ему пенсию, и за предоставленную ему возможность работать врачом и читать популярные лекции для отдыхавших в местных санаториях.[586]