Платные выступления были связаны с поездками по стране. Хотя он приближался к 70 годам, Аллен с удовольствием разъезжал в автомобиле, пользовался самолётами, но не терпел железной дороги. Часто вместе с ним в поездки отправлялась и Кловер, которую он теперь (впрочем, как и раньше) воспринимал скорее не как супругу, а как спутника, которому также можно было произнести нравоучительную лекцию.
У дочерей были свои семьи, росли их дети, и Аллен с удовольствием воспринимал роль деда, проводя некоторое время (не очень, правда, часто) в общении с ними.
Лишь один раз администрация Линдона Джонсона, ставшего президентом после убийства Джона Кеннеди 22 ноября 1963 года, привлекла Даллеса к временной государственной службе.
Даллес воспринял убийство Кеннеди первоначально, как это было свойственно разведчику, в качестве результата некого заговора. Он не считал изначально, что убийство организовано советской или коммунистической агентурой, хотя не исключал этого — такая акция могла бы, как он полагал, по расчётам противников по холодной войне внести деморализацию в американское общество. Но он был убеждён, что это — лишь один из вариантов, а всё дело требует тщательного расследования.
Поэтому, когда через неделю после убийства у него дома раздался телефонный звонок и на другом конце провода он услышал голос нового президента США, Аллен сразу понял, что разговор будет связан с происшедшей трагедией. Действительно, Джонсон предложил Даллесу принять участие в следственной комиссии, создаваемой для всестороннего расследования убийства Кеннеди. Джонсон сообщил, что руководить комиссией будет председатель Верховного суда США Эрл Уоррен, который уже дал на это согласие. Аллен также немедленно согласился участвовать в создаваемой официальной группе, которую вскоре стали называть Комиссией Уоррена.
Отношение Даллеса к Кеннеди, особенно после его убийства, было сложным. Он никак не мог забыть и простить того, что считал двуличием Кеннеди по отношению к себе. В то же время он не отрицал высоких способностей и потенций этого президента. Когда позже для архива Библиотеки Джона Кеннеди создавался комплекс так называемой «устной истории», то есть воспоминаний лиц, связанных с убитым президентом, которые стенографировались или записывались на плёнку во время интервью, с просьбой об устных воспоминаниях обратились и к Даллесу.
Интервью он дал, но это были сплошь такие изречения, которые невозможно было истолковать ни в позитивном, ни в отрицательном смыслах. «Он прошёл через очень трудное время», — говорил Аллен, не упоминая, впрочем, что было естественно, что немалые трудности для Кеннеди создавал он сам в качестве директора ЦРУ. «Он [Кеннеди] находился в той точке отсчёта, из которой он мог двигаться вперёд и показать нам всем возможности человека исключительного»552. Всё это интервью явно напоминало мыльный пузырь, никаких подлинных воспоминаний в нём не было.