Пока же, 29 ноября 1963 года, Даллес почти дословно записал свою беседу с президентом. Вот эта запись: «Я сказал ему, что я был в мыслях рядом с ним все эти дни. Он поблагодарил меня. Он сказал, что хотел бы, чтобы я выполнил одну работу по его поручению. Я спросил его, что она собой представляет. Он сказал, что назначает комиссию, чтобы выяснить все обстоятельства, связанные с покушением и последовавшим убийством человека, который подозревался в убийстве [речь шла об убийстве в полицейском участке Ли Харви Освальда, стрелявшего в Кеннеди. — Г. Ч.,Л.Д.]. Я сказал президенту, что я без колебаний готов служить. Я сказал, что полагаю, что он имел в виду мою прежнюю работу и что он считает, что она не может послужить каким-либо препятствием. Он сказал, что внимательно рассмотрел этот вопрос и считает, что, наоборот, она будет полезной»⁵⁵³.

Назначая Даллеса в Комиссию Уоррена, президент исходил не только из того, что тот обладал завидным опытом разведывательной работы, но и из убеждения, что бывший шеф ЦРУ будет внимательно следить за тем, чтобы работа комиссии протекала в строжайшей тайне, чтобы её следственные действия не давали почвы для всевозможных спекуляций по поводу того, что якобы «Хрущёв убил Кеннеди или Кастро его убил». «Мы должны руководствоваться только фактами», — убеждал Джонсон своих сотрудников⁵⁵⁴.

В тот же день, 29 ноября 1963 года, ровно через два года после того, как Даллес покинул ЦРУ, появилось на свет исполнительное распоряжение Джонсона об образовании Комиссии по расследованию обстоятельств убийства Кеннеди во главе с Уорреном. Члены тщательно подобранной комиссии (председатель Верховного суда, два сенатора и два члена Палаты представителей — по одному от каждой партии, два юриста — одним из них был Даллес) были приглашены к президенту, который выразил уверенность, что комиссия объективно разберётся во всех сложных обстоятельствах, связанных с гибелью президента Кеннеди и дальнейшими связанными с убийством событиями.

Назначение Даллеса в Комиссию Уоррена было встречено критически рядом печатных органов, которые обращали внимание, что Кеннеди сместил его с ответственного поста и что поэтому он вряд ли будет объективен. Однако у Джонсона были свои соображения. Он делился со своими бывшими коллегами по Конгрессу, в котором проработал ряд лет, что убийство Кеннеди «связано с некоторыми иностранными затруднениями, с ЦРУ и подобными вещами»⁵⁵⁵. Имелось в виду, в частности, что возможные свидетельства в комиссии, что к покушению причастны кубинские агенты, повлечёт за собой цепочку свидетельств, связанных с тайными операциями ЦРУ против Кубы, которыми в своё время руководил Даллес. Президент полагал, что Даллес был заинтересован в сохранении такого рода событий в глубокой тайне и приложит все силы, чтобы заставить своих бывших коллег и подчинённых держать в этом смысле язык за зубами.